+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z2x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mec1-Ddc2 (F2244L mutant) in complex with Mg AMP-PNP (State II) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE / serine/threonine protein kinase / complex / DNA damage response / checkpoint control | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance ...ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / establishment of protein localization / chromosome / chromatin organization / DNA replication / DNA recombination / damaged DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Yates, L.A. / Zhang, X. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Mechanism of auto-inhibition and activation of Mec1 checkpoint kinase. 著者: Elias A Tannous / Luke A Yates / Xiaodong Zhang / Peter M Burgers / 要旨: In response to DNA damage or replication fork stalling, the basal activity of Mec1 is stimulated in a cell-cycle-dependent manner, leading to cell-cycle arrest and the promotion of DNA repair. Mec1 ...In response to DNA damage or replication fork stalling, the basal activity of Mec1 is stimulated in a cell-cycle-dependent manner, leading to cell-cycle arrest and the promotion of DNA repair. Mec1 dysfunction leads to cell death in yeast and causes chromosome instability and embryonic lethality in mammals. Thus, ATR is a major target for cancer therapies in homologous recombination-deficient cancers. Here we identify a single mutation in Mec1, conserved in ATR, that results in constitutive activity. Using cryo-electron microscopy, we determine the structures of this constitutively active form (Mec1(F2244L)-Ddc2) at 2.8 Å and the wild type at 3.8 Å, both in complex with Mg-AMP-PNP. These structures yield a near-complete atomic model for Mec1-Ddc2 and uncover the molecular basis for low basal activity and the conformational changes required for activation. Combined with biochemical and genetic data, we discover key regulatory regions and propose a Mec1 activation mechanism. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z2x.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6z2x.ent.gz | 829.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z2x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6z2x_validation.pdf.gz | 576 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6z2x_full_validation.pdf.gz | 624.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6z2x_validation.xml.gz | 107.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6z2x_validation.cif.gz | 163.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/6z2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/6z2x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86533.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: LCD1, DDC2, PIE1, YDR499W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant (発現宿主): PY252 / 参照: UniProt: Q04377 #2: タンパク質 | 分子量: 273646.812 Da / 分子数: 2 / Mutation: F2244L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: MEC1, ESR1, SAD3, YBR136W, YBR1012 / プラスミド: pBL904 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Variant (発現宿主): PY252 参照: UniProt: P38111, non-specific serine/threonine protein kinase #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mec1-Ddc2 / タイプ: COMPLEX 詳細: Mec1-Ddc2 expressed and purified from Yeast and incubated with Mg and AMP-PNP Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.72 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / プラスミド: pBL904 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15902 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 900000 / 詳細: Template-based picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12205 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6Z2W Accession code: 6Z2W / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|