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万見
- PDB-6z16: Structure of the Mrp antiporter complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z16
タイトルStructure of the Mrp antiporter complex
要素(Multisubunit Na+/H+ antiporter, ...) x 7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mrp antiporter / sodium/proton exchanger / bioenergetics / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic cation transmembrane transporter activity => GO:0022890 / : / : / monoatomic ion transmembrane transporter activity / antiporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / sodium ion transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / monoatomic ion transport / ATP synthesis coupled electron transport ...inorganic cation transmembrane transporter activity => GO:0022890 / : / : / monoatomic ion transmembrane transporter activity / antiporter activity / monoatomic cation transmembrane transporter activity / sodium ion transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / monoatomic ion transport / ATP synthesis coupled electron transport / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monovalent cation proton antiporter subunit A / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD / Na+/H+ ion antiporter subunit / Na+/H+ antiporter subunit / Domain related to MnhB subunit of Na+/H+ antiporter / Multiple resistance and pH regulation protein F (MrpF / PhaF) ...Monovalent cation proton antiporter subunit A / Na+/H+ antiporter subunit E / Na+/H+ antiporter subunit G / Na+/H+ antiporter MnhB subunit-related protein / Na(+)/H(+) antiporter subunit F-like / MrpA C-terminal/MbhD / Na+/H+ ion antiporter subunit / Na+/H+ antiporter subunit / Domain related to MnhB subunit of Na+/H+ antiporter / Multiple resistance and pH regulation protein F (MrpF / PhaF) / MBH, subunit D / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Multisubunit Na+/H+ antiporter, G subunit / Multisubunit Na+/H+ antiporter, C subunit / Multisubunit Na+/H+ antiporter, B subunit / Multisubunit Na+/H+ antiporter, A subunit / Multisubunit Na+/H+ antiporter, F subunit / Multisubunit Na+/H+ antiporter, E subunit / Multisubunit Na+/H+ antiporter, D subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Anoxybacillus flavithermus
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Steiner, J. / Sazanov, L.A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of the Mrp complex, an ancient cation/proton antiporter.
著者: Julia Steiner / Leonid Sazanov /
要旨: Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) antiporters are multi-subunit Na (or K)/H exchangers representing an ancestor of many essential redox-driven proton pumps, such as respiratory complex I. ...Multiple resistance and pH adaptation (Mrp) antiporters are multi-subunit Na (or K)/H exchangers representing an ancestor of many essential redox-driven proton pumps, such as respiratory complex I. The mechanism of coupling between ion or electron transfer and proton translocation in this large protein family is unknown. Here, we present the structure of the Mrp complex from solved by cryo-EM at 3.0 Å resolution. It is a dimer of seven-subunit protomers with 50 trans-membrane helices each. Surface charge distribution within each monomer is remarkably asymmetric, revealing probable proton and sodium translocation pathways. On the basis of the structure we propose a mechanism where the coupling between sodium and proton translocation is facilitated by a series of electrostatic interactions between a cation and key charged residues. This mechanism is likely to be applicable to the entire family of redox proton pumps, where electron transfer to substrates replaces cation movements.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multisubunit Na+/H+ antiporter, A subunit
B: Multisubunit Na+/H+ antiporter, B subunit
C: Multisubunit Na+/H+ antiporter, C subunit
D: Multisubunit Na+/H+ antiporter, D subunit
E: Multisubunit Na+/H+ antiporter, E subunit
F: Multisubunit Na+/H+ antiporter, F subunit
G: Multisubunit Na+/H+ antiporter, G subunit
a: Multisubunit Na+/H+ antiporter, A subunit
b: Multisubunit Na+/H+ antiporter, B subunit
c: Multisubunit Na+/H+ antiporter, C subunit
d: Multisubunit Na+/H+ antiporter, D subunit
e: Multisubunit Na+/H+ antiporter, E subunit
f: Multisubunit Na+/H+ antiporter, F subunit
g: Multisubunit Na+/H+ antiporter, G subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,18344
ポリマ－426,94114
非ポリマー19,24130
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Multisubunit Na+/H+ antiporter, ... , 7種, 14分子 AaBbCcDdEeFfGg

#1: タンパク質 Multisubunit Na+/H+ antiporter, A subunit


分子量: 92059.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anoxybacillus flavithermus (strain DSM 21510 / WK1) (バクテリア)
遺伝子: mrpA, Aflv_1952 / プラスミド: pET Duet-1 / 細胞株 (発現宿主): KNabc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GL84
#2: タンパク質 Multisubunit Na+/H+ antiporter, B subunit


分子量: 15421.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anoxybacillus flavithermus (strain DSM 21510 / WK1) (バクテリア)
遺伝子: mrpB, Aflv_1951 / プラスミド: pET Duet-1 / 細胞株 (発現宿主): KNabc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GL83
#3: タンパク質 Multisubunit Na+/H+ antiporter, C subunit


分子量: 11625.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anoxybacillus flavithermus (strain DSM 21510 / WK1) (バクテリア)
遺伝子: mrpC, Aflv_1950 / プラスミド: pET Duet-1 / 細胞株 (発現宿主): KNabc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GL82
#4: タンパク質 Multisubunit Na+/H+ antiporter, D subunit


分子量: 53767.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anoxybacillus flavithermus (strain DSM 21510 / WK1) (バクテリア)
遺伝子: mrpD, Aflv_1949 / プラスミド: pET Duet-1 / 細胞株 (発現宿主): KNabc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GL98
#5: タンパク質 Multisubunit Na+/H+ antiporter, E subunit


分子量: 18037.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anoxybacillus flavithermus (strain DSM 21510 / WK1) (バクテリア)
遺伝子: mrpE, Aflv_1948 / プラスミド: pET Duet-1 / 細胞株 (発現宿主): KNabc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GL97
#6: タンパク質 Multisubunit Na+/H+ antiporter, F subunit


分子量: 9657.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anoxybacillus flavithermus (strain DSM 21510 / WK1) (バクテリア)
遺伝子: mrpF, Aflv_1947 / プラスミド: pET Duet-1 / 細胞株 (発現宿主): KNabc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GL96
#7: タンパク質 Multisubunit Na+/H+ antiporter, G subunit


分子量: 12900.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anoxybacillus flavithermus (strain DSM 21510 / WK1) (バクテリア)
遺伝子: mrpG, Aflv_1946 / プラスミド: pET Duet-1 / 細胞株 (発現宿主): KNabc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7GIG3

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非ポリマー , 2種, 30分子

#8: 化合物...
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#9: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mrp dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.44 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Anoxybacillus flavithermus WK1 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: KNabc
緩衝液pH: 6
試料濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 88 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
13PHENIX1.12-2829モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 892069
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285688 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
14HEA

4hea

14HEA1PDBexperimental model
26CFW

6cfw

16CFW2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00830962
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.05941942
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.13318132
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1715014
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0094948

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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