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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6yn6 | ||||||||||||
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タイトル | Inducible lysine decarboxylase LdcI stacks, pH 5.7 | ||||||||||||
要素 | Inducible lysine decarboxylase | ||||||||||||
キーワード | LYASE / Acid stress-inducible / decarboxylase / LAOdc | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysine decarboxylase / lysine catabolic process / lysine decarboxylase activity / guanosine tetraphosphate binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Felix, J. / Jessop, M. / Desfosses, A. / Effantin, G. / Gutsche, I. | ||||||||||||
資金援助 | 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Supramolecular assembly of the LdcI upon acid stress. 著者: Matthew Jessop / Clarissa Liesche / Jan Felix / Ambroise Desfosses / Megghane Baulard / Virgile Adam / Angélique Fraudeau / Karine Huard / Grégory Effantin / Jean-Philippe Kleman / Maria ...著者: Matthew Jessop / Clarissa Liesche / Jan Felix / Ambroise Desfosses / Megghane Baulard / Virgile Adam / Angélique Fraudeau / Karine Huard / Grégory Effantin / Jean-Philippe Kleman / Maria Bacia-Verloop / Dominique Bourgeois / Irina Gutsche / 要旨: Pathogenic and commensal bacteria often have to resist the harsh acidity of the host stomach. The inducible lysine decarboxylase LdcI buffers the cytosol and the local extracellular environment to ...Pathogenic and commensal bacteria often have to resist the harsh acidity of the host stomach. The inducible lysine decarboxylase LdcI buffers the cytosol and the local extracellular environment to ensure enterobacterial survival at low pH. Here, we investigate the acid stress-response regulation of LdcI by combining biochemical and biophysical characterization with negative stain and cryoelectron microscopy (cryo-EM) and wide-field and superresolution fluorescence imaging. Due to deleterious effects of fluorescent protein fusions on native LdcI decamers, we opt for three-dimensional localization of nanobody-labeled endogenous wild-type LdcI in acid-stressed cells and show that it organizes into distinct patches at the cell periphery. Consistent with recent hypotheses that in vivo clustering of metabolic enzymes often reflects their polymerization as a means of stimulus-induced regulation, we show that LdcI assembles into filaments in vitro at physiologically relevant low pH. We solve the structures of these filaments and of the LdcI decamer formed at neutral pH by cryo-EM and reveal the molecular determinants of LdcI polymerization, confirmed by mutational analysis. Finally, we propose a model for LdcI function inside the enterobacterial cell, providing a structural and mechanistic basis for further investigation of the role of its supramolecular organization in the acid stress response. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6yn6.cif.gz | 2.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6yn6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6yn6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6yn6_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6yn6_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6yn6_validation.xml.gz | 360.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6yn6_validation.cif.gz | 538.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6yn6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/6yn6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81110.570 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: cadA, ldcI, b4131, JW4092 発現宿主: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) Variant (発現宿主): delta_relA delta_spoT / 参照: UniProt: P0A9H3, lysine decarboxylase 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli inducible lysine decarboxylase at pH 5.7 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 5.7 |
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 29.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2564 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 15165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15157 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 96 / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3N75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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