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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6y5h | |||||||||
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タイトル | Ectodomain of X-31 Haemagglutinin at pH 5 (State I) | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Haemagglutinin / Hemagglutinin / Fusion protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Benton, D.J. / Rosenthal, P.B. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural transitions in influenza haemagglutinin at membrane fusion pH. 著者: Donald J Benton / Steven J Gamblin / Peter B Rosenthal / John J Skehel / 要旨: Infection by enveloped viruses involves fusion of their lipid envelopes with cellular membranes to release the viral genome into cells. For HIV, Ebola, influenza and numerous other viruses, envelope ...Infection by enveloped viruses involves fusion of their lipid envelopes with cellular membranes to release the viral genome into cells. For HIV, Ebola, influenza and numerous other viruses, envelope glycoproteins bind the infecting virion to cell-surface receptors and mediate membrane fusion. In the case of influenza, the receptor-binding glycoprotein is the haemagglutinin (HA), and following receptor-mediated uptake of the bound virus by endocytosis, it is the HA that mediates fusion of the virus envelope with the membrane of the endosome. Each subunit of the trimeric HA consists of two disulfide-linked polypeptides, HA1 and HA2. The larger, virus-membrane-distal, HA1 mediates receptor binding; the smaller, membrane-proximal, HA2 anchors HA in the envelope and contains the fusion peptide, a region that is directly involved in membrane interaction. The low pH of endosomes activates fusion by facilitating irreversible conformational changes in the glycoprotein. The structures of the initial HA at neutral pH and the final HA at fusion pH have been investigated by electron microscopy and X-ray crystallography. Here, to further study the process of fusion, we incubate HA for different times at pH 5.0 and directly image structural changes using single-particle cryo-electron microscopy. We describe three distinct, previously undescribed forms of HA, most notably a 150 Å-long triple-helical coil of HA2, which may bridge between the viral and endosomal membranes. Comparison of these structures reveals concerted conformational rearrangements through which the HA mediates membrane fusion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6y5h.cif.gz | 261.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6y5h.ent.gz | 219.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6y5h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6y5h_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6y5h_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6y5h_validation.xml.gz | 60.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6y5h_validation.cif.gz | 85.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/6y5h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34967.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P03437 #2: タンパク質 | 分子量: 19912.959 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P03437 #3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: X-31 Influenza Haemagglutinin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.164 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
緩衝液 | pH: 5 |
試料 | 濃度: 1.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 33.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2YPG |