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- PDB-6y1a: Amyloid fibril structure of islet amyloid polypeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1a
タイトルAmyloid fibril structure of islet amyloid polypeptide
要素Islet amyloid polypeptide
キーワードHORMONE / amylin / iapp / amyloid fibril / diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Islet amyloid polypeptide / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINO GROUP / Islet amyloid polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Roeder, C. / Kupreichyk, T. / Gremer, L. / Schaefer, L.U. / Pothula, K.R. / Ravelli, R.B.G. / Willbold, D. / Hoyer, W. / Schroder, G.F.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)726368European Union
引用
ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of islet amyloid polypeptide fibrils reveals similarities with amyloid-β fibrils.
著者: Christine Röder / Tatsiana Kupreichyk / Lothar Gremer / Luisa U Schäfer / Karunakar R Pothula / Raimond B G Ravelli / Dieter Willbold / Wolfgang Hoyer / Gunnar F Schröder /
要旨: Amyloid deposits consisting of fibrillar islet amyloid polypeptide (IAPP) in pancreatic islets are associated with beta-cell loss and have been implicated in type 2 diabetes (T2D). Here, we applied ...Amyloid deposits consisting of fibrillar islet amyloid polypeptide (IAPP) in pancreatic islets are associated with beta-cell loss and have been implicated in type 2 diabetes (T2D). Here, we applied cryo-EM to reconstruct densities of three dominant IAPP fibril polymorphs, formed in vitro from synthetic human IAPP. An atomic model of the main polymorph, built from a density map of 4.2-Å resolution, reveals two S-shaped, intertwined protofilaments. The segment 21-NNFGAIL-27, essential for IAPP amyloidogenicity, forms the protofilament interface together with Tyr37 and the amidated C terminus. The S-fold resembles polymorphs of Alzheimer's disease (AD)-associated amyloid-β (Aβ) fibrils, which might account for the epidemiological link between T2D and AD and reports on IAPP-Aβ cross-seeding in vivo. The results structurally link the early-onset T2D IAPP genetic polymorphism (encoding Ser20Gly) with the AD Arctic mutation (Glu22Gly) of Aβ and support the design of inhibitors and imaging probes for IAPP fibrils.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Amyloid fibril structure of islet amyloid polypeptide by cryo-electron microscopy reveals similarities with amyloid beta
著者: Roeder, C. / Kupreichyk, T. / Gremer, L. / Schaefer, L.U. / Pothula, K.R. / Ravelli, R.B.G. / Willbold, D. / Hoyer, W. / Schroder, G.F.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10669
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10669
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Islet amyloid polypeptide
B: Islet amyloid polypeptide
C: Islet amyloid polypeptide
D: Islet amyloid polypeptide
E: Islet amyloid polypeptide
F: Islet amyloid polypeptide
G: Islet amyloid polypeptide
H: Islet amyloid polypeptide
I: Islet amyloid polypeptide
J: Islet amyloid polypeptide
K: Islet amyloid polypeptide
L: Islet amyloid polypeptide
M: Islet amyloid polypeptide
N: Islet amyloid polypeptide
O: Islet amyloid polypeptide
P: Islet amyloid polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,80532
ポリマ－62,54916
非ポリマー25616
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area35890 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area12040 Å2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Islet amyloid polypeptide / Amylin / Diabetes-associated peptide / DAP / Insulinoma amyloid peptide


分子量: 3909.304 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10997
#2: 化合物
ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Amyloid fibril of the islet amyloid polypeptide (IAPP)
タイプ: COMPLEX / 詳細: The fibril consists of IAPP monomers. / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 10.6 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 46 sec. / 電子線照射量: 41.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1330
電子光学装置位相板: OTHER

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU1.5.1.50画像取得
12RELION3.0.5３次元再構成
13PHENIX1.11モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: 178.23 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.351 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37120
詳細: the data set was split by whole fibrils and then refined independently for 25 iterations to yield the two half maps.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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