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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6x8m | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the holo-SrpI encapsulin complex from Synechococcus elongatus PCC 7942 | |||||||||
![]() | Protein SrpI | |||||||||
![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / encapsulin / nanocompartment / cysteine desulfurase / HK97-fold | |||||||||
機能・相同性 | Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / : / Type 2A encapsulin shell protein SrpI-like / encapsulin nanocompartment / Type 2A encapsulin shell protein SrpI![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
![]() | LaFrance, B.J. / Nichols, R.J. / Phillips, N.R. / Oltrogge, L.M. / Valentin-Alvarado, L.E. / Bischoff, A.J. / Savage, D.F. / Nogales, E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Discovery and characterization of a novel family of prokaryotic nanocompartments involved in sulfur metabolism. 著者: Robert J Nichols / Benjamin LaFrance / Naiya R Phillips / Devon R Radford / Luke M Oltrogge / Luis E Valentin-Alvarado / Amanda J Bischoff / Eva Nogales / David F Savage / ![]() ![]() 要旨: Prokaryotic nanocompartments, also known as encapsulins, are a recently discovered proteinaceous organelle-like compartment in prokaryotes that compartmentalize cargo enzymes. While initial studies ...Prokaryotic nanocompartments, also known as encapsulins, are a recently discovered proteinaceous organelle-like compartment in prokaryotes that compartmentalize cargo enzymes. While initial studies have begun to elucidate the structure and physiological roles of encapsulins, bioinformatic evidence suggests that a great diversity of encapsulin nanocompartments remains unexplored. Here, we describe a novel encapsulin in the freshwater cyanobacterium PCC 7942. This nanocompartment is upregulated upon sulfate starvation and encapsulates a cysteine desulfurase enzyme via an N-terminal targeting sequence. Using cryo-electron microscopy, we have determined the structure of the nanocompartment complex to 2.2 Å resolution. Lastly, biochemical characterization of the complex demonstrated that the activity of the cysteine desulfurase is enhanced upon encapsulation. Taken together, our discovery, structural analysis, and enzymatic characterization of this prokaryotic nanocompartment provide a foundation for future studies seeking to understand the physiological role of this encapsulin in various bacteria. #1: ![]() タイトル: Discovery and characterization of a novel family of prokaryotic nanocompartments involved in sulfur metabolism 著者: Nichols, R.J. / LaFrance, B.J. / Phillips, N.R. / Oltrogge, L.M. / Valentin-Alvarado, L.E. / Bischoff, A.J. / Nogales, E. / Savage, D.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 346.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 347.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 22094MC ![]() 6x8tC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 390.3 Data #1: Gain-corrected raw movies for holo-SrpI encapsulin structure (EMD-22094) [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
2 |
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35371.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: srpI, Synpcc7942_B2662, pANL38 / プラスミド: pET14 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 2.1 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 10 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Open hole grids were treated with 2 drops of chloroform, and were not glow discharged before applying sample. グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K 詳細: blot force 5, 3 sec blot, 100 humidity, 4C, 1 sec drain time |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Residual beam tilt corrected in RELION/3.1. CTF refinement performed in RELION/3.1. |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.6 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1027 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 25 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 33 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Images collected in super-resolution mode | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF refinement was performed in Relion/3.1 / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 15686 / 詳細: Relion LoG autopicker to select particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11980 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 20 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: One subunit was built completely de novo based on sequence/density, and iteratively real space refined with neighboring subunits using PHENIX. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.2 Å |