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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ww7 | |||||||||
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タイトル | Structure of the human ER membrane protein complex in a lipid nanodisc | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Insertase / endoplasmic reticulum / transmembrane chaperone | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / protein folding in endoplasmic reticulum / copper ion transport / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / early endosome membrane / carbohydrate binding / angiogenesis / early endosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Tomaleri, G.P. / Januszyk, K. / Pleiner, T. / Inglis, A.J. / Voorhees, R.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural basis for membrane insertion by the human ER membrane protein complex. 著者: Tino Pleiner / Giovani Pinton Tomaleri / Kurt Januszyk / Alison J Inglis / Masami Hazu / Rebecca M Voorhees / 要旨: A defining step in the biogenesis of a membrane protein is the insertion of its hydrophobic transmembrane helices into the lipid bilayer. The nine-subunit endoplasmic reticulum (ER) membrane protein ...A defining step in the biogenesis of a membrane protein is the insertion of its hydrophobic transmembrane helices into the lipid bilayer. The nine-subunit endoplasmic reticulum (ER) membrane protein complex (EMC) is a conserved co- and posttranslational insertase at the ER. We determined the structure of the human EMC in a lipid nanodisc to an overall resolution of 3.4 angstroms by cryo-electron microscopy, permitting building of a nearly complete atomic model. We used structure-guided mutagenesis to demonstrate that substrate insertion requires a methionine-rich cytosolic loop and occurs via an enclosed hydrophilic vestibule within the membrane formed by the subunits EMC3 and EMC6. We propose that the EMC uses local membrane thinning and a positively charged patch to decrease the energetic barrier for insertion into the bilayer. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ww7.cif.gz | 379.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ww7.ent.gz | 308.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ww7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ww7_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ww7_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6ww7_validation.xml.gz | 69.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ww7_validation.cif.gz | 104.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/6ww7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/6ww7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ER membrane protein complex subunit ... , 8種, 8分子 ABCDFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 111886.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q8N766 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34882.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q15006 |
#3: タンパク質 | 分子量: 29981.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q9P0I2 |
#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 |
#6: タンパク質 | 分子量: 12029.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q9BV81 |
#7: タンパク質 | 分子量: 26501.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q9NPA0 |
#8: タンパク質 | 分子量: 23807.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: O43402 |
#9: タンパク質 | 分子量: 27375.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q5UCC4 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 E
#5: タンパク質 | 分子量: 14706.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 参照: UniProt: Q8N4V1 |
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-糖 , 2種, 4分子
#10: 多糖 | #11: 糖 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human ER Membrane Protein Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / Cell: HEK293 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Sample solubilized and purified in DDM, then reconstituted into lipid nanodisc. | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 59808 X / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 59.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 10 / 実像数: 6345 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1034250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188746 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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