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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wg3 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human Cohesin-NIPBL-DNA complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE/DNA / Protein-DNA complex / ATPase / DNA-binding protein / Genome organization / Sister chromatid cohesion / Transcription regulation / CELL CYCLE / CELL CYCLE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 eye morphogenesis / external genitalia morphogenesis / gallbladder development / SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / ear morphogenesis / mitotic cohesin loading / response to DNA damage checkpoint signaling / regulation of hair cycle / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition ...eye morphogenesis / external genitalia morphogenesis / gallbladder development / SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / ear morphogenesis / mitotic cohesin loading / response to DNA damage checkpoint signaling / regulation of hair cycle / negative regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of sister chromatid cohesion / meiotic cohesin complex / Cohesin Loading onto Chromatin / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / forelimb morphogenesis / cohesin loader activity / embryonic viscerocranium morphogenesis / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / mitotic cohesin complex / cohesin complex / negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / uterus morphogenesis / establishment of protein localization to chromatin / negative regulation of glial cell apoptotic process / regulation of developmental growth / embryonic digestive tract morphogenesis / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / cellular response to X-ray / integrator complex / lateral element / positive regulation of neuron migration / mediator complex binding / chromo shadow domain binding / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / positive regulation of multicellular organism growth / metanephros development / chromatin looping / positive regulation of ossification / digestive tract development / reciprocal meiotic recombination / embryonic forelimb morphogenesis / lncRNA binding / sister chromatid cohesion / face morphogenesis / negative regulation of interleukin-1 beta production / microtubule motor activity / mitotic sister chromatid cohesion / stem cell population maintenance / dynein complex binding / beta-tubulin binding / fat cell differentiation / mitotic spindle pole / outflow tract morphogenesis / regulation of DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of embryonic development / negative regulation of tumor necrosis factor production / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / developmental growth / localization / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / heart morphogenesis / protein localization to chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Meiotic synapsis / meiotic cell cycle / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / promoter-specific chromatin binding / sensory perception of sound / response to radiation / protein localization / brain development / cognition / kinetochore / nuclear matrix / histone deacetylase binding / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / transcription corepressor activity / double-strand break repair / chromosome / mitotic cell cycle / midbody / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / Estrogen-dependent gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / nuclear body / response to hypoxia / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Shi, Z.B. / Gao, H. / Bai, X.C. / Yu, H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the human cohesin-NIPBL-DNA complex. 著者: Zhubing Shi / Haishan Gao / Xiao-Chen Bai / Hongtao Yu / 要旨: As a ring-shaped adenosine triphosphatase (ATPase) machine, cohesin organizes the eukaryotic genome by extruding DNA loops and mediates sister chromatid cohesion by topologically entrapping DNA. How ...As a ring-shaped adenosine triphosphatase (ATPase) machine, cohesin organizes the eukaryotic genome by extruding DNA loops and mediates sister chromatid cohesion by topologically entrapping DNA. How cohesin executes these fundamental DNA transactions is not understood. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we determined the structure of human cohesin bound to its loader NIPBL and DNA at medium resolution. Cohesin and NIPBL interact extensively and together form a central tunnel to entrap a 72-base pair DNA. NIPBL and DNA promote the engagement of cohesin's ATPase head domains and ATP binding. The hinge domains of cohesin adopt an "open washer" conformation and dock onto the STAG1 subunit. Our structure explains the synergistic activation of cohesin by NIPBL and DNA and provides insight into DNA entrapment by cohesin. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wg3.cif.gz | 774.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wg3.ent.gz | 578.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wg3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wg3_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wg3_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wg3_validation.xml.gz | 101.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wg3_validation.cif.gz | 156.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wg3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Structural maintenance of chromosomes protein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 143484.109 Da / 分子数: 1 / 変異: E1157Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMC1A, DXS423E, KIAA0178, SB1.8, SMC1, SMC1L1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q14683 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 141770.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMC3, BAM, BMH, CSPG6, SMC3L1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UQE7 |
-タンパク質 , 3種, 3分子 CDE
#3: タンパク質 | 分子量: 71556.102 Da / 分子数: 1 / 変異: R172A, D279A, R450A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD21, HR21, KIAA0078, NXP1, SCC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60216 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 146075.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAG1, SA1, SCC3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8WVM7 |
#5: タンパク質 | 分子量: 188151.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NIPBL, IDN3, SCC2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6KC79 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 FG
#6: DNA鎖 | 分子量: 15928.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 15468.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
-非ポリマー , 1種, 2分子
#8: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human Cohesin-NIPBL-DNA Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.82 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5796 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 510507 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6857 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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