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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wdi | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B2) | ||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / EF-Tu / tRNA | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis ...stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / ribosomal large subunit assembly / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||||||||
![]() | Loveland, A.B. / Demo, G. / Korostelev, A.A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu•GTP elucidates tRNA proofreading. 著者: Anna B Loveland / Gabriel Demo / Andrei A Korostelev / ![]() ![]() 要旨: Ribosomes accurately decode mRNA by proofreading each aminoacyl-tRNA that is delivered by the elongation factor EF-Tu. To understand the molecular mechanism of this proofreading step it is necessary ...Ribosomes accurately decode mRNA by proofreading each aminoacyl-tRNA that is delivered by the elongation factor EF-Tu. To understand the molecular mechanism of this proofreading step it is necessary to visualize GTP-catalysed elongation, which has remained a challenge. Here we use time-resolved cryogenic electron microscopy to reveal 33 ribosomal states after the delivery of aminoacyl-tRNA by EF-Tu•GTP. Instead of locking cognate tRNA upon initial recognition, the ribosomal decoding centre dynamically monitors codon-anticodon interactions before and after GTP hydrolysis. GTP hydrolysis enables the GTPase domain of EF-Tu to extend away, releasing EF-Tu from tRNA. The 30S subunit then locks cognate tRNA in the decoding centre and rotates, enabling the tRNA to bypass 50S protrusions during accommodation into the peptidyl transferase centre. By contrast, the decoding centre fails to lock near-cognate tRNA, enabling the dissociation of near-cognate tRNA both during initial selection (before GTP hydrolysis) and proofreading (after GTP hydrolysis). These findings reveal structural similarity between ribosomes in initial selection states and in proofreading states, which together govern the efficient rejection of incorrect tRNA. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 21637MC ![]() 6wd0C ![]() 6wd1C ![]() 6wd2C ![]() 6wd3C ![]() 6wd4C ![]() 6wd5C ![]() 6wd6C ![]() 6wd7C ![]() 6wd8C ![]() 6wd9C ![]() 6wdaC ![]() 6wdbC ![]() 6wdcC ![]() 6wddC ![]() 6wdeC ![]() 6wdfC ![]() 6wdgC ![]() 6wdhC ![]() 6wdjC ![]() 6wdkC ![]() 6wdlC ![]() 6wdmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 bcdefghijklmnopqrstuvwxyzBCDEFa
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
#31: タンパク質 | 分子量: 25015.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#32: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#50: タンパク質 | 分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 6種, 7分子 3125647
#52: RNA鎖 | 分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#53: RNA鎖 | 分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
#54: RNA鎖 | 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
#55: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() #56: RNA鎖 | | 分子量: 5843.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #57: RNA鎖 | | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/FME.gif)
#58: 化合物 | ChemComp-FME / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Map IV-B2-nc / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#57 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2508 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 35 / 利用したフレーム数/画像: 1-35 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 565412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1924 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |