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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w23 | ||||||
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タイトル | ClpA Disengaged State bound to RepA-GFP (Focused Classification) | ||||||
要素 |
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キーワード | CHAPERONE / AAA+ / Protease / Hsp100 / ATPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / cellular response to heat / response to oxidative stress / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lopez, K.L. / Rizo, A.N. / Tse, E. / Lin, J. / Scull, N.W. / Thwin, A.C. / Lucius, A.L. / Shorter, J. / Southworth, D.R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Conformational plasticity of the ClpAP AAA+ protease couples protein unfolding and proteolysis. 著者: Kyle E Lopez / Alexandrea N Rizo / Eric Tse / JiaBei Lin / Nathaniel W Scull / Aye C Thwin / Aaron L Lucius / James Shorter / Daniel R Southworth / 要旨: The ClpAP complex is a conserved bacterial protease that unfolds and degrades proteins targeted for destruction. The ClpA double-ring hexamer powers substrate unfolding and translocation into the ...The ClpAP complex is a conserved bacterial protease that unfolds and degrades proteins targeted for destruction. The ClpA double-ring hexamer powers substrate unfolding and translocation into the ClpP proteolytic chamber. Here, we determined high-resolution structures of wild-type Escherichia coli ClpAP undergoing active substrate unfolding and proteolysis. A spiral of pore loop-substrate contacts spans both ClpA AAA+ domains. Protomers at the spiral seam undergo nucleotide-specific rearrangements, supporting substrate translocation. IGL loops extend flexibly to bind the planar, heptameric ClpP surface with the empty, symmetry-mismatched IGL pocket maintained at the seam. Three different structures identify a binding-pocket switch by the IGL loop of the lowest positioned protomer, involving release and re-engagement with the clockwise pocket. This switch is coupled to a ClpA rotation and a network of conformational changes across the seam, suggesting that ClpA can rotate around the ClpP apical surface during processive steps of translocation and proteolysis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w23.cif.gz | 592.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w23.ent.gz | 490.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w23.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w23_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w23_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6w23_validation.xml.gz | 103.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w23_validation.cif.gz | 148.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/6w23 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84321.844 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: clpA, lopD, b0882, JW0866 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABH9 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.84 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 58616 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 69 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
画像スキャン | 横: 11520 / 縦: 8184 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 2 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57848 / 対称性のタイプ: POINT |