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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vx7 | |||||||||||||||
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タイトル | bestrophin-2 Ca2+-bound state (5 mM Ca2+) | |||||||||||||||
要素 | Bestrophin | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Chloride Channel | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / Stimuli-sensing channels / bicarbonate channel activity / bicarbonate transport / chloride channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / chloride channel complex / basolateral plasma membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Owji, A.P. / Zhao, Q. / Ji, C. / Kittredge, A. / Hopiavuori, A. / Fu, Z. / Ward, N. / Clarke, O. / Shen, Y. / Zhang, Y. ...Owji, A.P. / Zhao, Q. / Ji, C. / Kittredge, A. / Hopiavuori, A. / Fu, Z. / Ward, N. / Clarke, O. / Shen, Y. / Zhang, Y. / Hendrickson, W.A. / Yang, T. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Structural and functional characterization of the bestrophin-2 anion channel. 著者: Aaron P Owji / Qingqing Zhao / Changyi Ji / Alec Kittredge / Austin Hopiavuori / Ziao Fu / Nancy Ward / Oliver B Clarke / Yin Shen / Yu Zhang / Wayne A Hendrickson / Tingting Yang / 要旨: The bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels, which mediate the influx and efflux of monovalent anions in response to the levels of intracellular Ca, comprises four members ...The bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels, which mediate the influx and efflux of monovalent anions in response to the levels of intracellular Ca, comprises four members in mammals (bestrophin 1-4). Here we report cryo-EM structures of bovine bestrophin-2 (bBest2) bound and unbound by Ca at 2.4- and 2.2-Å resolution, respectively. The bBest2 structure highlights four previously underappreciated pore-lining residues specifically conserved in Best2 but not in Best1, illustrating the differences between these paralogs. Structure-inspired electrophysiological analysis reveals that, although the channel is sensitive to Ca, it has substantial Ca-independent activity for Cl, reflecting the opening at the cytoplasmic restriction of the ion conducting pathway even when Ca is absent. Moreover, the ion selectivity of bBest2 is controlled by multiple residues, including those involved in gating. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vx7.cif.gz | 335.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vx7.ent.gz | 276.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vx7_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vx7_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6vx7_validation.xml.gz | 59.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vx7_validation.cif.gz | 88.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/6vx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/6vx7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47424.754 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: BEST2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E1BF86 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: bestrophin-2 (BEST2) calcium-bound state (5 mM Ca2+) タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HEK293S |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 332270 / 対称性のタイプ: POINT |