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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vws | |||||||||
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タイトル | Hexamer of Helical HIV capsid by RASTR method | |||||||||
要素 | HIV capsid protein | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Helical reconstruction / GS-6207 Hexamer HIV / RASTR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / viral process / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity ...viral budding via host ESCRT complex / viral process / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao, H. / Iqbal, N. / Asturias, F. / Kvaratskhelia, M. / Vanblerkom, P. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structural and mechanistic bases for a potent HIV-1 capsid inhibitor. 著者: Stephanie M Bester / Guochao Wei / Haiyan Zhao / Daniel Adu-Ampratwum / Naseer Iqbal / Valentine V Courouble / Ashwanth C Francis / Arun S Annamalai / Parmit K Singh / Nikoloz Shkriabai / ...著者: Stephanie M Bester / Guochao Wei / Haiyan Zhao / Daniel Adu-Ampratwum / Naseer Iqbal / Valentine V Courouble / Ashwanth C Francis / Arun S Annamalai / Parmit K Singh / Nikoloz Shkriabai / Peter Van Blerkom / James Morrison / Eric M Poeschla / Alan N Engelman / Gregory B Melikyan / Patrick R Griffin / James R Fuchs / Francisco J Asturias / Mamuka Kvaratskhelia / 要旨: The potent HIV-1 capsid inhibitor GS-6207 is an investigational principal component of long-acting antiretroviral therapy. We found that GS-6207 inhibits HIV-1 by stabilizing and thereby preventing ...The potent HIV-1 capsid inhibitor GS-6207 is an investigational principal component of long-acting antiretroviral therapy. We found that GS-6207 inhibits HIV-1 by stabilizing and thereby preventing functional disassembly of the capsid shell in infected cells. X-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and hydrogen-deuterium exchange experiments revealed that GS-6207 tightly binds two adjoining capsid subunits and promotes distal intra- and inter-hexamer interactions that stabilize the curved capsid lattice. In addition, GS-6207 interferes with capsid binding to the cellular HIV-1 cofactors Nup153 and CPSF6 that mediate viral nuclear import and direct integration into gene-rich regions of chromatin. These findings elucidate structural insights into the multimodal, potent antiviral activity of GS-6207 and provide a means for rationally developing second-generation therapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vws.cif.gz | 184.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vws.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vws.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vws_validation.pdf.gz | 768.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vws_full_validation.pdf.gz | 771 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vws_validation.xml.gz | 36.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vws_validation.cif.gz | 56.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/6vws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/6vws | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24613.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexamer of helical HIV capsid protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 1M NaCl, 50mM Tris pH 8.0 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 28000 X / 倍率(補正後): 28000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 700 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 80 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 電子線照射量: 47.36 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 4246 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 150.32 ° / 軸方向距離/サブユニット: 7.61 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 146291 詳細: A total of 208,225helical segments were extracted from manually selected, well-ordered helical tubes using Relion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 245050 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: A non-helical approach (RASTR) to calculate a volume from the same subset of data used for helical analysis. The position and rotation to the center of a single hexamer in the final helical ...詳細: A non-helical approach (RASTR) to calculate a volume from the same subset of data used for helical analysis. The position and rotation to the center of a single hexamer in the final helical volume was determined and used along the final refined helical rise and twist to extract a total of 245050 unique particles from which surrounding tube density was subtracted by reprojection using Relion. The resulting stack of 245050 particles, each extracted into a 192 multiple 192 pixel box centered around the chosen asymmetric unit for each subtracted volume, was imported into Cryosparc. 2D clustering and ab-initio heterogeneous reconstruction with 4 volumes were then used to select a subset of 96392 particle images. These images, along with the cleanest reference from ab-initio volume determination were then used to obtain a volume through 3D Refinement. クラス平均像の数: 96392 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 204.64 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6VKV PDB chain-ID: A / Accession code: 6VKV / Pdb chain residue range: 1-220 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |