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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vps | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the amyloid core of Drosophila Orb2 isolated from head | ||||||
要素 | Translational regulator orb2 | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid / prion-like / long-term memory | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dendrite terminus / sperm axoneme assembly / : / asymmetric cell division / sperm individualization / male courtship behavior / translation activator activity / translation factor activity, RNA binding / male meiosis I / negative regulation of cytoplasmic translation ...dendrite terminus / sperm axoneme assembly / : / asymmetric cell division / sperm individualization / male courtship behavior / translation activator activity / translation factor activity, RNA binding / male meiosis I / negative regulation of cytoplasmic translation / long-term memory / axon terminus / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / synaptic membrane / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / ribosome binding / presynapse / cell cortex / cell body / spermatogenesis / perikaryon / postsynapse / protein stabilization / negative regulation of translation / neuron projection / axon / synapse / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Hervas, R. / Rau, M.J. / Park, Y. / Zhang, W. / Murzin, A.G. / Fitzpatrick, J.A.J. / Scheres, S.H.W. / Si, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of a neuronal functional amyloid implicated in memory persistence in . 著者: Ruben Hervas / Michael J Rau / Younshim Park / Wenjuan Zhang / Alexey G Murzin / James A J Fitzpatrick / Sjors H W Scheres / Kausik Si / 要旨: How long-lived memories withstand molecular turnover is a fundamental question. Aggregates of a prion-like RNA-binding protein, cytoplasmic polyadenylation element-binding (CPEB) protein, is a ...How long-lived memories withstand molecular turnover is a fundamental question. Aggregates of a prion-like RNA-binding protein, cytoplasmic polyadenylation element-binding (CPEB) protein, is a putative substrate of long-lasting memories. We isolated aggregated CPEB, Orb2, from adult heads and determined its activity and atomic structure, at 2.6-angstrom resolution, using cryo-electron microscopy. Orb2 formed ~75-nanometer-long threefold-symmetric amyloid filaments. Filament formation transformed Orb2 from a translation repressor to an activator and "seed" for further translationally active aggregation. The 31-amino acid protofilament core adopted a cross-β unit with a single hydrophilic hairpin stabilized through interdigitated glutamine packing. Unlike the hydrophobic core of pathogenic amyloids, the hydrophilic core of Orb2 filaments suggests how some neuronal amyloids could be a stable yet regulatable substrate of memory. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vps.cif.gz | 72.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vps.ent.gz | 56.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/6vps | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 3 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 9 / Rise per n subunits: 4.75 Å / Rotation per n subunits: -1.55 °) |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3974.170 Da / 分子数: 9 / 断片: UNP residues 176-206 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q9VSR3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: amyloid core of Drosophila Orb2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 組織: head |
緩衝液 | pH: 7.25 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 63 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0256 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -1.55 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.75 Å / らせん対称軸の対称性: C3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19509 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 2.6→86.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.854 / WRfactor Rwork: 0.322 / SU B: 10.458 / SU ML: 0.21 / Average fsc overall: 0.8918 / Average fsc work: 0.8918 / ESU R: 0.37 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.615 Å2
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %
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