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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6voy | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HTLV-1 instasome | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Integrase / Intasome / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated ...protein phosphatase type 2A complex / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Platelet sensitization by LDL / CTLA4 inhibitory signaling / protein phosphatase activator activity / chromosome, centromeric region / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / RNA endonuclease activity / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / DNA integration / RNA stem-loop binding / Negative regulation of MAPK pathway / RNA-directed DNA polymerase activity / Separation of Sister Chromatids / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Regulation of TP53 Degradation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA recombination / negative regulation of cell population proliferation / Golgi apparatus / signal transduction / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharolobus solfataricus (古細菌) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bhatt, V. / Shi, K. / Sundborger, A. / Aihara, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis of host protein hijacking in human T-cell leukemia virus integration. 著者: Veer Bhatt / Ke Shi / Daniel J Salamango / Nicholas H Moeller / Krishan K Pandey / Sibes Bera / Heather O Bohl / Fredy Kurniawan / Kayo Orellana / Wei Zhang / Duane P Grandgenett / Reuben S ...著者: Veer Bhatt / Ke Shi / Daniel J Salamango / Nicholas H Moeller / Krishan K Pandey / Sibes Bera / Heather O Bohl / Fredy Kurniawan / Kayo Orellana / Wei Zhang / Duane P Grandgenett / Reuben S Harris / Anna C Sundborger-Lunna / Hideki Aihara / 要旨: Integration of the reverse-transcribed viral DNA into host chromosomes is a critical step in the life-cycle of retroviruses, including an oncogenic delta(δ)-retrovirus human T-cell leukemia virus ...Integration of the reverse-transcribed viral DNA into host chromosomes is a critical step in the life-cycle of retroviruses, including an oncogenic delta(δ)-retrovirus human T-cell leukemia virus type-1 (HTLV-1). Retroviral integrase forms a higher order nucleoprotein assembly (intasome) to catalyze the integration reaction, in which the roles of host factors remain poorly understood. Here, we use cryo-electron microscopy to visualize the HTLV-1 intasome at 3.7-Å resolution. The structure together with functional analyses reveal that the B56γ (B'γ) subunit of an essential host enzyme, protein phosphatase 2 A (PP2A), is repurposed as an integral component of the intasome to mediate HTLV-1 integration. Our studies reveal a key host-virus interaction underlying the replication of an important human pathogen and highlight divergent integration strategies of retroviruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6voy.cif.gz | 413.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6voy.ent.gz | 318.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6voy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6voy_validation.pdf.gz | 966.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6voy_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6voy_validation.xml.gz | 66 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6voy_validation.cif.gz | 98.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/6voy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/6voy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 43652.680 Da / 分子数: 4 / 変異: W24A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌), (組換発現) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: sso7d, sso7d-1, SSO10610, pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39476, UniProt: A0A1Y1CAW1 #2: タンパク質 | 分子量: 40357.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R5C, KIAA0044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13362 |
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-DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*G)- ... , 2種, 4分子 ILKN
#3: DNA鎖 | 分子量: 15074.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) #5: DNA鎖 | 分子量: 6199.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) |
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-DNA鎖 , 1種, 2分子 JM
#4: DNA鎖 | 分子量: 7614.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) |
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-非ポリマー , 2種, 6分子
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / #7: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HTLV1 intasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.08 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30434 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 189.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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