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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vhc | ||||||
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タイトル | 1.4A damaged structure of GSNQNNF used to determine initial phases from radiation damage | ||||||
![]() | GSNQNNF | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / MicroED / damage / phasing / RIP | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
![]() | Martynowycz, M.W. / Hattne, J. / Gonen, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Experimental Phasing of MicroED Data Using Radiation Damage. 著者: Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tamir Gonen / ![]() 要旨: We previously demonstrated that microcrystal electron diffraction (MicroED) can be used to determine atomic-resolution structures from vanishingly small three-dimensional crystals. Here, we present ...We previously demonstrated that microcrystal electron diffraction (MicroED) can be used to determine atomic-resolution structures from vanishingly small three-dimensional crystals. Here, we present an example of an experimentally phased structure using only MicroED data. The structure of a seven-residue peptide is solved starting from differences to the diffraction intensities induced by structural changes due to radiation damage. The same wedge of reciprocal space was recorded twice by continuous-rotation MicroED from a set of 11 individual crystals. The data from the first pass were merged to make a "low-dose dataset." The data from the second pass were similarly merged to form a "damaged dataset." Differences between these two datasets were used to identify a single heavy-atom site from a Patterson difference map, and initial phases were generated. Finally, the structure was completed by iterative cycles of modeling and refinement. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 12.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 4.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 346.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 346 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 1.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 779.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Synthetic proto-filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.000899141 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Hanging drop. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 % |
-データ収集
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / C2レンズ絞り径: 100 µm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
撮影 | 平均露光時間: 2.1 sec. / 電子線照射量: 0.00588 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) Num. of diffraction images: 736 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 736 / 詳細: Images collected as a movies. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
画像スキャン | サンプリングサイズ: 31.2 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM回折 | カメラ長: 730 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM回折 シェル | 解像度: 1.4→13.97 Å / フーリエ空間範囲: 78.1 % / 多重度: 8.7 / 構造因子数: 722 / 位相残差: 26 ° | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM回折 統計 | 詳細: Model from the low-dose set refined against the damage dataset without any changes. フーリエ空間範囲: 78.1 % / 再高解像度: 1.4 Å / 測定した強度の数: 6314 / 構造因子数: 722 / 位相誤差: 26 ° / 位相残差: 26 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.199 / Rsym: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 722 / % possible obs: 78.1 % / 冗長度: 8.745 % / Biso Wilson estimate: 10.108 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rrim(I) all: 0.21 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 8.67 / Num. measured all: 6314 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: EM-Menu / バージョン: 4.0.9.75 / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||
画像処理 | 詳細: Rolling shutter and binned by 2. | ||||||||||||||||||||
EM 3D crystal entity | ∠α: 83.7 ° / ∠β: 85.43 ° / ∠γ: 82.96 ° / A: 4.85 Å / B: 14.15 Å / C: 17.43 Å / 空間群名: 1 / 空間群番号: 1 | ||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 5 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6CLJ PDB chain-ID: A / Accession code: 6CLJ / Pdb chain residue range: 1-7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.4→13.97 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 18.27 Å2 / Biso mean: 4.5087 Å2 / Biso min: 0.08 Å2 |