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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6uxv | ||||||||||||
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タイトル | SWI/SNF Body Module | ||||||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / SWI/SNF / chromatin remodeler | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / rDNA binding / HDACs deacetylate histones / DNA strand invasion / ATP-dependent chromatin remodeler activity ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell adhesion involved in single-species biofilm formation / positive regulation of mating type switching / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / aggrephagy / rDNA binding / HDACs deacetylate histones / DNA strand invasion / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosomal DNA binding / helicase activity / maturation of LSU-rRNA / nucleotide-excision repair / transcription coregulator activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / histone binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | ||||||||||||
![]() | He, Y. / Han, Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of SWI/SNF complex bound to a nucleosome. 著者: Yan Han / Alexis A Reyes / Sara Malik / Yuan He / ![]() 要旨: The chromatin-remodelling complex SWI/SNF is highly conserved and has critical roles in various cellular processes, including transcription and DNA-damage repair. It hydrolyses ATP to remodel ...The chromatin-remodelling complex SWI/SNF is highly conserved and has critical roles in various cellular processes, including transcription and DNA-damage repair. It hydrolyses ATP to remodel chromatin structure by sliding and evicting histone octamers, creating DNA regions that become accessible to other essential factors. However, our mechanistic understanding of the remodelling activity is hindered by the lack of a high-resolution structure of complexes from this family. Here we report the cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae SWI/SNF bound to a nucleosome, at near-atomic resolution. In the structure, the actin-related protein (Arp) module is sandwiched between the ATPase and the rest of the complex, with the Snf2 helicase-SANT associated (HSA) domain connecting all modules. The body contains an assembly scaffold composed of conserved subunits Snf12 (also known as SMARCD or BAF60), Snf5 (also known as SMARCB1, BAF47 or INI1) and an asymmetric dimer of Swi3 (also known as SMARCC, BAF155 or BAF170). Another conserved subunit, Swi1 (also known as ARID1 or BAF250), resides in the core of SWI/SNF, acting as a molecular hub. We also observed interactions between Snf5 and the histones at the acidic patch, which could serve as an anchor during active DNA translocation. Our structure enables us to map and rationalize a subset of cancer-related mutations in the human SWI/SNF complex and to propose a model for how SWI/SNF recognizes and remodels the +1 nucleosome to generate nucleosome-depleted regions during gene activation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 489.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 331.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 888.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 965.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 73.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 111.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Transcription regulatory protein ... , 3種, 3分子 AHI
#1: タンパク質 | 分子量: 194315.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P22082, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 63947.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53628 |
#6: タンパク質 | 分子量: 19565.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P18888 |
-SWI/SNF chromatin-remodeling complex subunit ... , 2種, 2分子 BC
#2: タンパク質 | 分子量: 148065.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P09547 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 102642.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P18480 |
-タンパク質 , 3種, 6分子 DEFGJM
#4: タンパク質 | 分子量: 93034.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 詳細: Residues 597-653 and 765-780 of chain F, and residues 609-655 and 763-779 of chain G are not confidently assigned 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32591 #7: タンパク質 | | 分子量: 5720.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c #10: タンパク質 | | 分子量: 7081.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
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-タンパク質・ペプチド , 3種, 4分子 KLON
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c | ||
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#9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1549.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c #11: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
-詳細
配列の詳細 | The following sequence corresponds to the unknown residue from 151 to the C-terminus for entity-6: ...The following sequence corresponds to the unknown residue from 151 to the C-terminus for entity-6: EMKTQAAELQ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SWI/SNF Body module / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 10 mM HEPES, pH 7.9, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 5% glycerol, 0.05% NP-40 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 76.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF amplitude correction was performed following 3D auto refinement in relion. タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61518 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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