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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6u96 | |||||||||||||||
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タイトル | Actin phalloidin at BeFx state | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Actin / phalloidin / beryllium fluoride | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Das, S. / Ge, P. / Durer, Z.A.O. / Grintsevich, E.E. / Zhou, Z.H. / Reisler, E. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: D-loop Dynamics and Near-Atomic-Resolution Cryo-EM Structure of Phalloidin-Bound F-Actin. 著者: Sanchaita Das / Peng Ge / Zeynep A Oztug Durer / Elena E Grintsevich / Z Hong Zhou / Emil Reisler / 要旨: Detailed molecular information on G-actin assembly into filaments (F-actin), and their structure, dynamics, and interactions, is essential for understanding their cellular functions. Previous studies ...Detailed molecular information on G-actin assembly into filaments (F-actin), and their structure, dynamics, and interactions, is essential for understanding their cellular functions. Previous studies indicate that a flexible DNase I binding loop (D-loop, residues 40-50) plays a major role in actin's conformational dynamics. Phalloidin, a "gold standard" for actin filament staining, stabilizes them and affects the D-loop. Using disulfide crosslinking in yeast actin D-loop mutant Q41C/V45C, light-scattering measurements, and cryoelectron microscopy reconstructions, we probed the constraints of D-loop dynamics and its contribution to F-actin formation/stability. Our data support a model of residues 41-45 distances that facilitate G- to F-actin transition. We report also a 3.3-Å resolution structure of phalloidin-bound F-actin in the ADP-Pi-like (ADP-BeFx) state. This shows the phalloidin-binding site on F-actin and how the relative movement between its two protofilaments is restricted by it. Together, our results provide molecular details of F-actin structure and D-loop dynamics. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6u96.cif.gz | 328.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6u96.ent.gz | 280 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6u96.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6u96_validation.pdf.gz | 1000.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6u96_full_validation.pdf.gz | 1015.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6u96_validation.xml.gz | 58.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6u96_validation.cif.gz | 87.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/6u96 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/6u96 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42109.973 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ACTA1, ACTA / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 808.899 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Actin phalloidin, BeFx state / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: pH7.4, 10mM Tris, 50mM KCl, 1 mM MgC2, 0.2mM CaCl2, 1mM ATP, 1mM DTT, 0.2mM EGTA, 0.2mM BeCl2, 5mM NaF | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 3000 nm / Calibrated defocus min: 2200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 4200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 81 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5874 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 3-12 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -166.967625 ° / 軸方向距離/サブユニット: 29.508839 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 214555 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181626 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |