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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6trc | ||||||||||||
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タイトル | Cryo- EM structure of the Thermosynechococcus elongatus photosystem I in the presence of cytochrome c6 | ||||||||||||
![]() | (Photosystem I ...) x 12 | ||||||||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / P700 / Cyanobacteria | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | ||||||||||||
![]() | Koelsch, A. / Radon, C. / Baumert, A. / Buerger, J. / Mielke, T. / Lisdat, F. / Zouni, A. / Wendler, P. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Current limits of structural biology: The transient interaction between cytochrome c6 and photosystem I 著者: Koelsch, A. / Radon, C. / Golub, M. / Baumert, A. / Burger, J. / Miehlke, T. / Lisdat, F. / Feoktystov, A. / Pieper, J. / Zouni, A. / Wendler, P. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 20 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 20.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 330.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 430.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem I ... , 12種, 36分子 Aa1Bb2Cc3Dd4Ee5Ff6Ii7Jj8Kk9Ll0...
#1: タンパク質 | 分子量: 83267.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A405, photosystem I #2: タンパク質 | 分子量: 83123.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A407, photosystem I #3: タンパク質 | 分子量: 8809.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A415, photosystem I #4: タンパク質 | 分子量: 15389.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A420 #5: タンパク質 | 分子量: 8399.485 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A423 #6: タンパク質 | 分子量: 15129.358 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A401 #7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4325.245 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 詳細: Formyl group added. For post-translational modifications see El-Mohsnawy et al. Structure and Function of Intact Photosystem 1 Monomers from the Cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus. ...詳細: Formyl group added. For post-translational modifications see El-Mohsnawy et al. Structure and Function of Intact Photosystem 1 Monomers from the Cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus. Biochemistry (2010). 49, 4740-4751. http://dx.doi.org/10.1021/bi901807p 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A427 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4798.708 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 詳細: Formyl group added. For post-translational modifications see El-Mohsnawy et al. Structure and Function of Intact Photosystem 1 Monomers from the Cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus. ...詳細: Formyl group added. For post-translational modifications see El-Mohsnawy et al. Structure and Function of Intact Photosystem 1 Monomers from the Cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus. Biochemistry (2010). 49, 4740-4751. http://dx.doi.org/10.1021/bi901807p 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A429 #9: タンパク質 | 分子量: 8483.983 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A425 #10: タンパク質 | 分子量: 16287.765 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8DGB4 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3426.115 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A403 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4104.939 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8DKP6 |
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-非ポリマー , 9種, 1053分子 ![](data/chem/img/CL0.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
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![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-CLA / #15: 化合物 | ChemComp-PQN / #16: 化合物 | ChemComp-BCR / #17: 化合物 | ChemComp-LHG / #18: 化合物 | ChemComp-SF4 / #19: 化合物 | ChemComp-CA / #20: 化合物 | #21: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: photosystem I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Photosystem I was crosslinked with its electron donor cytochrome c6. Crosslinked particles are monodisperse. | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND4 was used to estimate contrast transfer function parameters. CTF correction was done in Relion 3.0. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175999 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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