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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tmf | ||||||
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タイトル | Structure of an archaeal ABCE1-bound ribosomal post-splitting complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / ABC Proteins / Ribosome Recycling / Translation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal small subunit binding / translational termination / translational initiation / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / oxidoreductase activity / rRNA binding ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal small subunit binding / translational termination / translational initiation / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / tRNA binding / oxidoreductase activity / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / iron ion binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharolobus solfataricus (古細菌) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kratzat, H. / Becker, T. / Tampe, R. / Beckmann, R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2020 タイトル: Molecular analysis of the ribosome recycling factor ABCE1 bound to the 30S post-splitting complex. 著者: Elina Nürenberg-Goloub / Hanna Kratzat / Holger Heinemann / André Heuer / Peter Kötter / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Robert Tampé / Roland Beckmann / 要旨: Ribosome recycling by the twin-ATPase ABCE1 is a key regulatory process in mRNA translation and surveillance and in ribosome-associated protein quality control in Eukarya and Archaea. Here, we ...Ribosome recycling by the twin-ATPase ABCE1 is a key regulatory process in mRNA translation and surveillance and in ribosome-associated protein quality control in Eukarya and Archaea. Here, we captured the archaeal 30S ribosome post-splitting complex at 2.8 Å resolution by cryo-electron microscopy. The structure reveals the dynamic behavior of structural motifs unique to ABCE1, which ultimately leads to ribosome splitting. More specifically, we provide molecular details on how conformational rearrangements of the iron-sulfur cluster domain and hinge regions of ABCE1 are linked to closure of its nucleotide-binding sites. The combination of mutational and functional analyses uncovers an intricate allosteric network between the ribosome, regulatory domains of ABCE1, and its two structurally and functionally asymmetric ATP-binding sites. Based on these data, we propose a refined model of how signals from the ribosome are integrated into the ATPase cycle of ABCE1 to orchestrate ribosome recycling. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tmf.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tmf.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tmf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tmf_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tmf_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tmf_validation.xml.gz | 136.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tmf_validation.cif.gz | 228.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tmf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+30S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVXYZa
-タンパク質 , 3種, 3分子 Wbd
#23: タンパク質 | 分子量: 6292.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌) 参照: UniProt: A0A218P055 |
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#28: タンパク質 | 分子量: 13351.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌) 参照: UniProt: A0A218P167 |
#30: タンパク質 | 分子量: 67201.469 Da / 分子数: 1 / Mutation: E238A, E485A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 遺伝子: SSOP1_0270, SULA_1305, SULB_1306, SULC_1304, SULG_06465, SULH_06465, SULI_06465, SULM_06465, SULN_06465, SULO_06475, SULZ_06710 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3MFT8, UniProt: Q980K5*PLUS |
-RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Ac
#1: RNA鎖 | 分子量: 482205.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌) 参照: GenBank: 1214542111 |
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#29: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5023.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌) 参照: UniProt: A0A218P2S9 |
-非ポリマー , 4種, 37分子
#31: 化合物 | ChemComp-MG / #32: 化合物 | ChemComp-ZN / #33: 化合物 | #34: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 10 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 293010 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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