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万見
- PDB-6tmf: Structure of an archaeal ABCE1-bound ribosomal post-splitting complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tmf
タイトルStructure of an archaeal ABCE1-bound ribosomal post-splitting complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 25
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • 50S ribosomal protein L7Aeリボソーム
  • ATPaseATPアーゼ
  • LSU ribosomal protein L41E
  • RNA-binding proteinRNA結合タンパク質
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ABC Proteins / Ribosome Recycling / Translation (翻訳)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal small subunit binding / translational termination / translational initiation / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / oxidoreductase activity ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / ribosomal small subunit binding / translational termination / translational initiation / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / oxidoreductase activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / iron ion binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, prokaryotes / Ribosomal protein S17 / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal ...Ribosomal protein L7Ae, prokaryotes / Ribosomal protein S17 / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27ae / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / RLI1 / Ribosomal protein S8e, archaeal / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Diphtheria Toxin Repressor; domain 2 / Ribosomal Protein S14/S29 / 30s Ribosomal Protein S14; Chain N / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / Ribosomal Protein S7 / Ribosomal protein S7/S5 / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L7Ae, archaea / S15/NS1, RNA-binding / 4Fe-4S binding domain / Ribosomal protein L30/S12 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal family S4e / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 鉄・硫黄クラスター / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / ATPアーゼ / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S27e ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 鉄・硫黄クラスター / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / ATPアーゼ / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S27e / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S13 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S4e / 30S ribosomal protein S17 / RNA結合タンパク質 / 30S ribosomal protein S27ae / 30S ribosomal protein S24e / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S3Ae / 30S ribosomal protein S28e / 50S ribosomal protein L7Ae / 30S ribosomal protein S17e / LSU ribosomal protein L41E / 30S ribosomal protein S6e / 30S ribosomal protein S10 / 30S ribosomal protein S8e / 30S ribosomal protein S12 / 30S ribosomal protein S7 / 30S ribosomal protein S19P / 30S ribosomal protein S5 / 30S ribosomal protein S19e / RNase L inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kratzat, H. / Becker, T. / Tampe, R. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Molecular analysis of the ribosome recycling factor ABCE1 bound to the 30S post-splitting complex.
著者: Elina Nürenberg-Goloub / Hanna Kratzat / Holger Heinemann / André Heuer / Peter Kötter / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Robert Tampé / Roland Beckmann /
要旨: Ribosome recycling by the twin-ATPase ABCE1 is a key regulatory process in mRNA translation and surveillance and in ribosome-associated protein quality control in Eukarya and Archaea. Here, we ...Ribosome recycling by the twin-ATPase ABCE1 is a key regulatory process in mRNA translation and surveillance and in ribosome-associated protein quality control in Eukarya and Archaea. Here, we captured the archaeal 30S ribosome post-splitting complex at 2.8 Å resolution by cryo-electron microscopy. The structure reveals the dynamic behavior of structural motifs unique to ABCE1, which ultimately leads to ribosome splitting. More specifically, we provide molecular details on how conformational rearrangements of the iron-sulfur cluster domain and hinge regions of ABCE1 are linked to closure of its nucleotide-binding sites. The combination of mutational and functional analyses uncovers an intricate allosteric network between the ribosome, regulatory domains of ABCE1, and its two structurally and functionally asymmetric ATP-binding sites. Based on these data, we propose a refined model of how signals from the ribosome are integrated into the ATPase cycle of ABCE1 to orchestrate ribosome recycling.
履歴
登録2019年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10519
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16S ribosomal RNA
B: 30S ribosomal protein S2
C: 30S ribosomal protein S3
D: 30S ribosomal protein S3Ae
E: 30S ribosomal protein S4
F: 30S ribosomal protein S4e
G: 30S ribosomal protein S5
H: 30S ribosomal protein S6e
I: 30S ribosomal protein S7
J: 30S ribosomal protein S8
K: 30S ribosomal protein S8e
L: 30S ribosomal protein S9
M: 30S ribosomal protein S10
N: 30S ribosomal protein S11
O: 30S ribosomal protein S12
P: 30S ribosomal protein S13
Q: 30S ribosomal protein S14 type Z
R: 30S ribosomal protein S15
S: 30S ribosomal protein S17
T: 30S ribosomal protein S17e
U: 30S ribosomal protein S19P
V: 30S ribosomal protein S19e
W: RNA-binding protein
X: 30S ribosomal protein S24e
Y: 30S ribosomal protein S27e
Z: 30S ribosomal protein S27ae
a: 30S ribosomal protein S28e
b: 50S ribosomal protein L7Ae
c: LSU ribosomal protein L41E
d: ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)962,38867
ポリマ－959,70630
非ポリマー2,68237
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
30S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVXYZa

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 22297.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZR2
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 21707.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZU7
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S3Ae / リボソーム / Ribosomal protein S1e


分子量: 21588.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P0R0
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 20975.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZV3
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S4e / リボソーム


分子量: 27849.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZX1
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 24543.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P4N5
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S6e / リボソーム


分子量: 13829.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P2W6
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 24287.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P4K4
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14493.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZT7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S8e / リボソーム


分子量: 14164.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P4F6
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14893.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZS6
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11731.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P3Q8
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 14308.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZU0
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 16101.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P4I2
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 15768.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZT2
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 6587.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZW1
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 17475.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P0Q1
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 12996.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZX3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S17e / リボソーム


分子量: 7723.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P2C1
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S19P / リボソーム


分子量: 13511.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P4M9
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S19e / リボソーム


分子量: 17203.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P4W7
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S24e / リボソーム


分子量: 11406.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P0B9
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S27e / リボソーム


分子量: 6835.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218NZS1
#26: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S27ae / リボソーム


分子量: 5995.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P0A5
#27: タンパク質 30S ribosomal protein S28e / リボソーム


分子量: 7356.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P147

-
タンパク質 , 3種, 3分子 Wbd

#23: タンパク質 RNA-binding protein / RNA結合タンパク質


分子量: 6292.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P055
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / リボソーム / Ribosomal protein L8e


分子量: 13351.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P167
#30: タンパク質 ATPase / ATPアーゼ / Ribosome biogenesis/translation initiation ATPase RLI


分子量: 67201.469 Da / 分子数: 1 / Mutation: E238A, E485A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌)
遺伝子: SSOP1_0270, SULA_1305, SULB_1306, SULC_1304, SULG_06465, SULH_06465, SULI_06465, SULM_06465, SULN_06465, SULO_06475, SULZ_06710
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3MFT8, UniProt: Q980K5*PLUS

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Ac

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 482205.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: GenBank: 1214542111
#29: タンパク質・ペプチド LSU ribosomal protein L41E


分子量: 5023.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)
参照: UniProt: A0A218P2S9

-
非ポリマー , 4種, 37分子

#31: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#32: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#33: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#34: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
130S ABCE1 post-splitting complexRIBOSOME#1-#300MULTIPLE SOURCES
230S small ribosomal subunitCOMPLEX#1-#291NATURAL
3ABCE1COMPLEX#301RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Thermococcus celer Vu 13 = JCM 8558 (古細菌)1293037
33Saccharolobus solfataricus (古細菌)2287
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 25 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 10

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 293010 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 21.65 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.016669816
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.1094101585
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.071312442
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00747352
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.027431226

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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