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万見
- PDB-6tcl: Photosystem I tetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tcl
タイトルPhotosystem I tetramer
要素(Photosystem I ...) x 18
キーワードPHOTOSYNTHESIS / tetramer / anabaena / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / : / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / beta,beta-caroten-4-one / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I iron-sulfur center ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / beta,beta-caroten-4-one / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chen, M. / Perez-Boerema, A. / Li, S. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, 中国, 5件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21506113 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470229 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: Distinct structural modulation of photosystem I and lipid environment stabilizes its tetrameric assembly.
著者: Ming Chen / Annemarie Perez-Boerema / Laixing Zhang / Yanxue Li / Maojun Yang / Shizhong Li / Alexey Amunts /
要旨: Photosystem I (PSI) is able to form different oligomeric states across various species. To reveal the structural basis for PSI dimerization and tetramerization, we structurally investigated PSI from ...Photosystem I (PSI) is able to form different oligomeric states across various species. To reveal the structural basis for PSI dimerization and tetramerization, we structurally investigated PSI from the cyanobacterium Anabaena. This revealed a disrupted trimerization domain due to lack of the terminal residues of PsaL in the lumen, which resulted in PSI dimers with loose connections between monomers and weaker energy-coupled chlorophylls than in the trimer. At the dimer surface, specific phospholipids, cofactors and interactions in combination facilitated recruitment of another dimer to form a tetramer. Taken together, the relaxed luminal connections and lipid specificity at the dimer interface account for membrane curvature. PSI tetramer assembly appears to increase the surface area of the thylakoid membrane, which would contribute to PSI crowding.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02024年5月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Non-polymer description / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_caveat / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10461
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
C1: Photosystem I iron-sulfur center
D1: Photosystem I reaction center subunit II
E1: Photosystem I reaction center subunit IV
F1: Photosystem I reaction center subunit III
I1: Photosystem I reaction center subunit VIII
J1: Photosystem I reaction center subunit IX
K1: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
L1: Photosystem I reaction center subunit XI
M1: Photosystem I reaction center subunit XII
X1: Photosystem I 4.8 kDa protein
A2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
C2: Photosystem I iron-sulfur center
D2: Photosystem I reaction center subunit II
E2: Photosystem I reaction center subunit IV
F2: Photosystem I reaction center subunit III
I2: Photosystem I reaction center subunit VIII
J2: Photosystem I reaction center subunit IX
K2: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
L2: Photosystem I reaction center subunit XI
M2: Photosystem I reaction center subunit XII
X2: Photosystem I 4.8 kDa protein
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
X: Photosystem I 4.8 kDa protein
AA: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
BB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
CC: Photosystem I iron-sulfur center
DD: Photosystem I reaction center subunit II
EE: Photosystem I reaction center subunit IV
FF: Photosystem I reaction center subunit III
II: Photosystem I reaction center subunit VIII
JJ: Photosystem I reaction center subunit IX
KK: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
LL: Photosystem I reaction center subunit XI
MM: Photosystem I reaction center subunit XII
XX: Photosystem I 4.8 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,478,636626
ポリマ－1,006,91948
非ポリマー471,717578
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I ... , 18種, 48分子 A1A2AAAB1B2BBBC1C2CCCD1D2DDDE1E2F1FFFI1IIIJ1J2JJJK1K...

#1: タンパク質
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 81932.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58576, photosystem I
#2: タンパク質
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / PsaB 1


分子量: 83254.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58565, photosystem I
#3: タンパク質
Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8694.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A410, photosystem I
#4: タンパク質
Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 14672.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58573
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 6809.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58575
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 15030.004 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58564
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3550.169 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58560
#8: タンパク質・ペプチド
Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 5368.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58568
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I subunit X 1


分子量: 7580.861 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58583
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 17545.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58577
#11: タンパク質・ペプチド
Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3407.008 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8YNB0
#12: タンパク質・ペプチド
Photosystem I 4.8 kDa protein


分子量: 4342.132 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58566
#13: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 14845.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58564
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3764.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58560
#15: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I subunit X 1


分子量: 7509.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58583
#16: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 17673.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58577
#17: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7106.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58575
#18: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16290.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 参照: UniProt: P58577

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糖 , 1種, 2分子

#28: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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非ポリマー , 9種, 576分子

#19: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#20: 化合物
ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#21: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#22: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#24: 化合物...
ChemComp-AJP / Digitonin / ジギトニン


分子量: 1229.312 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H92O29 / コメント: 可溶化剤*YM
#25: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物
ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#27: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 428587
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69247 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004204779
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.2298373519
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.251413142
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004127325
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.882971574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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