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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6t17 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the wild-type flagellar filament of the Firmicute Kurthia | |||||||||||||||
要素 | Flagellin | |||||||||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Gram-Positive Bacteria Flagella / Helical / Wild-Type | |||||||||||||||
機能・相同性 | bacterial-type flagellum filament / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Kurthia sp. 11kri321 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Blum, T.B. / Abrahams, J.P. | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: The wild-type flagellar filament of the Firmicute Kurthia at 2.8 Å resolution in vivo. 著者: Thorsten B Blum / Sevasti Filippidou / Mathilda Fatton / Pilar Junier / Jan Pieter Abrahams / 要旨: Bacteria swim and swarm by rotating the micrometers long, helical filaments of their flagella. They change direction by reversing their flagellar rotation, which switches the handedness of the ...Bacteria swim and swarm by rotating the micrometers long, helical filaments of their flagella. They change direction by reversing their flagellar rotation, which switches the handedness of the filament's supercoil. So far, all studied functional filaments are composed of a mixture of L- and R-state flagellin monomers. Here we show in a study of the wild type Firmicute Kurthia sp., that curved, functional filaments can adopt a conformation in vivo that is closely related to a uniform, all-L-state. This sheds additional light on transitions of the flagellar supercoil and uniquely reveals the atomic structure of a wild-type flagellar filament in vivo, including six residues showing clearly densities of O-linked glycosylation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6t17.cif.gz | 3.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6t17.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6t17.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6t17_validation.pdf.gz | 217 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6t17_full_validation.pdf.gz | 216.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6t17_validation.xml.gz | 642 B | 表示 | |
CIF形式データ | 6t17_validation.cif.gz | 99.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t17 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/6t17 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29530.055 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Kurthia sp. 11kri321 (バクテリア) 遺伝子: ASO14_2420 / 発現宿主: Kurthia sp. 11kri321 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0X9VHV9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Flagellar Filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Kurthia sp. 11kri321 (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 86 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 65.45 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.83 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9270 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL |