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万見
- PDB-6srs: Structure of the Fanconi anaemia core subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6srs
タイトルStructure of the Fanconi anaemia core subcomplex
要素
  • (Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB- ...) x 11
  • (Unassigned secondary structure elements (proposed ...) x 6
  • Fanconi anaemia protein FANCL
キーワードLIGASE / Fanconi Anaemia core complex / E3 ligase / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


PKR-mediated signaling / Fanconi Anemia Pathway in DNA repair / Fanconi Anemia Pathway / Fanconi anaemia nuclear complex / protein monoubiquitination / interstrand cross-link repair / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / DNA repair / DNA damage response ...PKR-mediated signaling / Fanconi Anemia Pathway in DNA repair / Fanconi Anemia Pathway / Fanconi anaemia nuclear complex / protein monoubiquitination / interstrand cross-link repair / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / DNA repair / DNA damage response / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
FANCL, UBC-like domain 2 / FANCL, UBC-like domain 3 / Fanconi anemia complex, subunit FancL, WD-repeat containing domain / E3 ubiquitin-protein ligase FANCL / FANCL C-terminal domain / FANCL, UBC-like domain 3 superfamily / FANCL UBC-like domain 1 / FANCL C-terminal domain / FANCL UBC-like domain 2 / FANCL UBC-like domain 3 ...FANCL, UBC-like domain 2 / FANCL, UBC-like domain 3 / Fanconi anemia complex, subunit FancL, WD-repeat containing domain / E3 ubiquitin-protein ligase FANCL / FANCL C-terminal domain / FANCL, UBC-like domain 3 superfamily / FANCL UBC-like domain 1 / FANCL C-terminal domain / FANCL UBC-like domain 2 / FANCL UBC-like domain 3 / FANCL C-terminal domain / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi anemia protein FANCL
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Shakeel, S. / Rajendra, E. / Alcon, P. / He, S. / Scheres, S.H.W. / Passmore, L.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105192715 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the Fanconi anaemia monoubiquitin ligase complex.
著者: Shabih Shakeel / Eeson Rajendra / Pablo Alcón / Francis O'Reilly / Dror S Chorev / Sarah Maslen / Gianluca Degliesposti / Christopher J Russo / Shaoda He / Chris H Hill / J Mark Skehel / ...著者: Shabih Shakeel / Eeson Rajendra / Pablo Alcón / Francis O'Reilly / Dror S Chorev / Sarah Maslen / Gianluca Degliesposti / Christopher J Russo / Shaoda He / Chris H Hill / J Mark Skehel / Sjors H W Scheres / Ketan J Patel / Juri Rappsilber / Carol V Robinson / Lori A Passmore /
要旨: The Fanconi anaemia (FA) pathway repairs DNA damage caused by endogenous and chemotherapy-induced DNA crosslinks, and responds to replication stress. Genetic inactivation of this pathway by mutation ...The Fanconi anaemia (FA) pathway repairs DNA damage caused by endogenous and chemotherapy-induced DNA crosslinks, and responds to replication stress. Genetic inactivation of this pathway by mutation of genes encoding FA complementation group (FANC) proteins impairs development, prevents blood production and promotes cancer. The key molecular step in the FA pathway is the monoubiquitination of a pseudosymmetric heterodimer of FANCD2-FANCI by the FA core complex-a megadalton multiprotein E3 ubiquitin ligase. Monoubiquitinated FANCD2 then recruits additional protein factors to remove the DNA crosslink or to stabilize the stalled replication fork. A molecular structure of the FA core complex would explain how it acts to maintain genome stability. Here we reconstituted an active, recombinant FA core complex, and used cryo-electron microscopy and mass spectrometry to determine its structure. The FA core complex comprises two central dimers of the FANCB and FA-associated protein of 100 kDa (FAAP100) subunits, flanked by two copies of the RING finger subunit, FANCL. These two heterotrimers act as a scaffold to assemble the remaining five subunits, resulting in an extended asymmetric structure. Destabilization of the scaffold would disrupt the entire complex, resulting in a non-functional FA pathway. Thus, the structure provides a mechanistic basis for the low numbers of patients with mutations in FANCB, FANCL and FAAP100. Despite a lack of sequence homology, FANCB and FAAP100 adopt similar structures. The two FANCL subunits are in different conformations at opposite ends of the complex, suggesting that each FANCL has a distinct role. This structural and functional asymmetry of dimeric RING finger domains may be a general feature of E3 ligases. The cryo-electron microscopy structure of the FA core complex provides a foundation for a detailed understanding of its E3 ubiquitin ligase activity and DNA interstrand crosslink repair.
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10294
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
B: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
C: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
D: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
E: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
F: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
G: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
H: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
I: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
J: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
K: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
L: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
a: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
b: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
c: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
d: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
e: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
f: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
g: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
h: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
i: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
j: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
k: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
l: Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)
M: Unassigned secondary structure elements (proposed FANCB)
N: Unassigned secondary structure elements (proposed FAAP100)
O: Unassigned secondary structure elements (proposed FANCB)
P: Unassigned secondary structure elements (proposed FAAP100)
R: Unassigned secondary structure elements (proposed FANCG)
S: Unassigned secondary structure elements (proposed FANCG)
Q: Fanconi anaemia protein FANCL
m: Unassigned secondary structure elements (proposed FANCB)
n: Unassigned secondary structure elements (proposed FAAP100)
o: Unassigned secondary structure elements (proposed FANCB)
p: Unassigned secondary structure elements (proposed FAAP100)
r: Unassigned secondary structure elements (proposed FANCG)
s: Unassigned secondary structure elements (proposed FANCG)
q: Fanconi anaemia protein FANCL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,44538
ポリマ－270,44538
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB- ... , 11種, 24分子 AaBbCcDdEeFfGgHJhjIiKkLl

#1: タンパク質 Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 6485.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 2145.636 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#4: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 1975.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 783.958 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#6: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#7: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 2230.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#8: タンパク質・ペプチド
Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#9: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 3166.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#10: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#11: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (central region, proposed FANCB-FAAP100)


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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Unassigned secondary structure elements (proposed ... , 6種, 12分子 MmNnOoPpRrSs

#12: タンパク質 Unassigned secondary structure elements (proposed FANCB)


分子量: 10230.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#13: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure elements (proposed FAAP100)


分子量: 3677.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#14: タンパク質 Unassigned secondary structure elements (proposed FANCB)


分子量: 23762.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#15: タンパク質 Unassigned secondary structure elements (proposed FAAP100)


分子量: 23506.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#16: タンパク質 Unassigned secondary structure elements (proposed FANCG)


分子量: 24272.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#17: タンパク質 Unassigned secondary structure elements (proposed FANCG)


分子量: 12358.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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タンパク質 , 1種, 2分子 Qq

#18: タンパク質 Fanconi anaemia protein FANCL


分子量: 10475.292 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: FANCL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3MUH5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fanconi anaemia core subcomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #10-#18, #2-#9 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.86 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞: Sf9 insect cells / プラスミド: pACEBac1
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM HEPES pH 8.0, ~500 mM NaCl, 1 mM TCEP
試料濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Blot time: 3 to 4.5 s Wait time: 0 s Drain time: 0 s Force: -10 N

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 4145

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9REFMACモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
11Cootモデル精密化
12RELION3初期オイラー角割当
13RELION3最終オイラー角割当
14RELION3分類
15RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49423
詳細: Local symmetry was applied for two regions followed by autorefinement was was done with tau_fudge (T)=100. Map was post processed to obtain realistic resolution for the map.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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