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- PDB-6skf: Cryo-EM Structure of T. kodakarensis 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6skf
タイトルCryo-EM Structure of T. kodakarensis 70S ribosome
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 24
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • LSU ribosomal protein L41E
  • Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation
キーワードRIBOSOME / T. kodakarensis / ac4C / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14e / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal ...Ribosomal protein L14e / : / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / : / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / : / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / : / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / : / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Double zinc ribbon protein TK0111 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Matzov, D. / Sas-Chen, A. / Thomas, J.M. / Santangelo, T. / Meier, J.L. / Schwartz, S. / Shalev-Benami, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping.
著者: Aldema Sas-Chen / Justin M Thomas / Donna Matzov / Masato Taoka / Kellie D Nance / Ronit Nir / Keri M Bryson / Ran Shachar / Geraldy L S Liman / Brett W Burkhart / Supuni Thalalla Gamage / ...著者: Aldema Sas-Chen / Justin M Thomas / Donna Matzov / Masato Taoka / Kellie D Nance / Ronit Nir / Keri M Bryson / Ran Shachar / Geraldy L S Liman / Brett W Burkhart / Supuni Thalalla Gamage / Yuko Nobe / Chloe A Briney / Michaella J Levy / Ryan T Fuchs / G Brett Robb / Jesse Hartmann / Sunny Sharma / Qishan Lin / Laurence Florens / Michael P Washburn / Toshiaki Isobe / Thomas J Santangelo / Moran Shalev-Benami / Jordan L Meier / Schraga Schwartz /
要旨: N-acetylcytidine (acC) is an ancient and highly conserved RNA modification that is present on tRNA and rRNA and has recently been investigated in eukaryotic mRNA. However, the distribution, dynamics ...N-acetylcytidine (acC) is an ancient and highly conserved RNA modification that is present on tRNA and rRNA and has recently been investigated in eukaryotic mRNA. However, the distribution, dynamics and functions of cytidine acetylation have yet to be fully elucidated. Here we report acC-seq, a chemical genomic method for the transcriptome-wide quantitative mapping of acC at single-nucleotide resolution. In human and yeast mRNAs, acC sites are not detected but can be induced-at a conserved sequence motif-via the ectopic overexpression of eukaryotic acetyltransferase complexes. By contrast, cross-evolutionary profiling revealed unprecedented levels of acC across hundreds of residues in rRNA, tRNA, non-coding RNA and mRNA from hyperthermophilic archaea. AcC is markedly induced in response to increases in temperature, and acetyltransferase-deficient archaeal strains exhibit temperature-dependent growth defects. Visualization of wild-type and acetyltransferase-deficient archaeal ribosomes by cryo-electron microscopy provided structural insights into the temperature-dependent distribution of acC and its potential thermoadaptive role. Our studies quantitatively define the acC landscape, providing a technical and conceptual foundation for elucidating the role of this modification in biology and disease.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年5月22日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10223
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Aa: 16S rRNA
Ab: 30S ribosomal protein S2
Ac: 30S ribosomal protein S3
Ad: 30S ribosomal protein S3Ae
Ae: 30S ribosomal protein S4
Af: 30S ribosomal protein S4e
Ag: 30S ribosomal protein S5
Ah: 30S ribosomal protein S6e
Ai: 30S ribosomal protein S7
Aj: 30S ribosomal protein S8
Ak: 30S ribosomal protein S8e
Al: 30S ribosomal protein S9
Am: 30S ribosomal protein S10
An: 30S ribosomal protein S11
Ao: 30S ribosomal protein S12
Ap: 30S ribosomal protein S13
Aq: 30S ribosomal protein S15
Ar: 30S ribosomal protein S14 type Z
As: 30S ribosomal protein S17
At: 30S ribosomal protein S17e
Au: 30S ribosomal protein S19
Av: 30S ribosomal protein S19e
Aw: 30S ribosomal protein S24e
Ax: 30S ribosomal protein S27e
Ay: 30S ribosomal protein S28e
Az: Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation
BA: 23S rRNA
BB: 5S rRNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L7Ae
BI: 50S ribosomal protein L7Ae
BJ: 50S ribosomal protein L10e
BK: 50S ribosomal protein L13
BL: 50S ribosomal protein L14
BM: 50S ribosomal protein L14e
BN: 50S ribosomal protein L14e
BO: 50S ribosomal protein L15
BP: 50S ribosomal protein L15e
BQ: 50S ribosomal protein L18
BR: 50S ribosomal protein L18e
BS: 50S ribosomal protein L19e
BT: 50S ribosomal protein L18Ae
BU: 50S ribosomal protein L21e
BV: 50S ribosomal protein L22
BW: 50S ribosomal protein L23
BX: 50S ribosomal protein L24
BY: 50S ribosomal protein L24e
BZ: 50S ribosomal protein L29
Ba: 50S ribosomal protein L30
Bb: 50S ribosomal protein L30e
Bc: 50S ribosomal protein L31e
Bd: 50S ribosomal protein L32e
Be: 50S ribosomal protein L34e
Bg: 50S ribosomal protein L37Ae
Bh: 50S ribosomal protein L37e
Bi: 50S ribosomal protein L39e
Bj: 50S ribosomal protein L40e
Bk: LSU ribosomal protein L41E
Bl: 50S ribosomal protein L44e
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,434,81675
ポリマ－2,434,03163
非ポリマー78512
水42,6422367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AaBABB

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 488234.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
#27: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 990337.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
#28: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 40744.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: GenBank: 57158259

+
30S ribosomal protein ... , 24種, 24分子 AbAcAdAeAfAgAhAiAjAkAlAmAnAoApAqArAsAtAuAvAwAxAy

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 23039.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJD2
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 23390.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDH5
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S1e


分子量: 23064.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGM4
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 21240.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJF2
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S4e


分子量: 27820.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG0
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 26372.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG8
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S6e


分子量: 13760.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDK8
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 24573.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE04
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14602.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG3
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S8e


分子量: 14548.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGF3
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 15358.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJE2
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11716.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JFZ5
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 15111.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJF3
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 16488.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE20
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 17025.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJF1
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 17583.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGJ4
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6634.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG2
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 13219.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDH9
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S17e


分子量: 8036.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDC7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 15453.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDH3
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S19e


分子量: 17303.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGN5
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S24e


分子量: 11458.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JIY8
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S27e


分子量: 7085.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE50
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S28e


分子量: 7971.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGR4

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 34分子 BCBDBEBFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBeBg...

#29: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 26092.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDH2
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 39118.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDJ0
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 28768.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDI0
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21027.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 20888.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG4
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 13454.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGR3
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L10e


分子量: 21116.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDI6
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16316.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJF6
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 15181.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJF8
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L14e


分子量: 8968.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJE4
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16571.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJH0
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L15e


分子量: 22607.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JH43
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 22895.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG7
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L18e


分子量: 13799.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJF5
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L19e


分子量: 17667.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG6
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L18Ae / 50S ribosomal protein L20e / 50S ribosomal protein LX


分子量: 9227.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGT3
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L21e


分子量: 11290.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JI51
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 17838.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDH4
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 9915.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDH1
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 14225.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJF9
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L24e


分子量: 8111.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGR5
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7937.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDH6
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 17856.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG9
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L30e


分子量: 10972.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE35
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L31e


分子量: 10354.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGT5
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L32e


分子量: 14654.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJG5
#55: タンパク質 50S ribosomal protein L34e


分子量: 10558.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJF7
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L37Ae / Ribosomal protein L43e


分子量: 9240.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JDM6
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L37e


分子量: 7470.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JIE1
#58: タンパク質 50S ribosomal protein L39e


分子量: 6262.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JGT6
#59: タンパク質 50S ribosomal protein L40e


分子量: 5781.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JJD3
#61: タンパク質 50S ribosomal protein L44e


分子量: 11204.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JE51

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AzBk

#26: タンパク質 Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation


分子量: 7001.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JFE2
#60: タンパク質・ペプチド LSU ribosomal protein L41E


分子量: 5051.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis (古細菌) / 参照: UniProt: Q5JEV0

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非ポリマー , 2種, 2379分子

#62: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#63: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensis / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#61 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 29000 X / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 34 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53737 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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