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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sfw | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the ClpX component of the ClpXP1/2 degradation machinery. | ||||||||||||
要素 | ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / AAA+ / ATPase / Protease / Listeria / Motor protein / chaperone | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein catabolic process / unfolded protein binding / protein folding / peptidase activity / protein dimerization activity / cell division / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gatsogiannis, C. / Merino, F. / Raunser, S. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the ClpXP protein degradation machinery. 著者: Christos Gatsogiannis / Dora Balogh / Felipe Merino / Stephan A Sieber / Stefan Raunser / 要旨: The ClpXP machinery is a two-component protease complex that performs targeted protein degradation in bacteria and mitochondria. The complex consists of the AAA+ chaperone ClpX and the peptidase ClpP. ...The ClpXP machinery is a two-component protease complex that performs targeted protein degradation in bacteria and mitochondria. The complex consists of the AAA+ chaperone ClpX and the peptidase ClpP. The hexameric ClpX utilizes the energy of ATP binding and hydrolysis to engage, unfold and translocate substrates into the catalytic chamber of tetradecameric ClpP, where they are degraded. Formation of the complex involves a symmetry mismatch, because hexameric AAA+ rings bind axially to the opposing stacked heptameric rings of the tetradecameric ClpP. Here we present the cryo-EM structure of ClpXP from Listeria monocytogenes. We unravel the heptamer-hexamer binding interface and provide novel insight into the ClpX-ClpP cross-talk and activation mechanism. Comparison with available crystal structures of ClpP and ClpX in different states allows us to understand important aspects of the complex mode of action of ClpXP and provides a structural framework for future pharmacological applications. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sfw.cif.gz | 339.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sfw.ent.gz | 278.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sfw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sfw_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sfw_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sfw_validation.xml.gz | 67.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sfw_validation.cif.gz | 98.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/6sfw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/6sfw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46492.172 Da / 分子数: 6 / 変異: E183Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: clpX, ARJ20_08095, B4Y57_02215, D3B94_07125, DWE46_10580, DWE48_07885, FA029_07915, FORC68_1290, LmNIHS28_00678 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L8DZH5, UniProt: Q8Y7K9*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: LmClpX / タイプ: COMPLEX 詳細: Hexameric AAA+ ATPase that unfolds the substrate to be degraded by ClpP1/2 Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.7 ° / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 詳細: The sample was crosslinked with 0.1% glutaraldehyde. The reaction was quenched after 30 s with 2 eq Tris-HCl. | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % 詳細: The sample was blotted after 45 s of incubation time |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 112807 X / Cs: 0 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 114 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3200 詳細: Images were collected in movie mode at a frame rate of 50 ms |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 613322 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 383927 詳細: The overall resolution of the map is 4 A, but the ClpX region has significantly lower local resolution. 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |