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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rld | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE MECHANOSENSITIVE CHANNEL MSCS EMBEDDED IN THE MEMBRANE BILAYER | |||||||||
要素 | Small-conductance mechanosensitive channel | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / CHANNEL / MECHANOSENSITIVE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / protein homooligomerization / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Rasmussen, T. / Flegler, V.J. / Rasmussen, A. / Boettcher, B. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structure of the Mechanosensitive Channel MscS Embedded in the Membrane Bilayer. 著者: Tim Rasmussen / Vanessa J Flegler / Akiko Rasmussen / Bettina Böttcher / 要旨: Since life has emerged, gradients of osmolytes over the cell membrane cause pressure changes in the cell and require tight regulation to prevent cell rupture. The mechanosensitive channel of small ...Since life has emerged, gradients of osmolytes over the cell membrane cause pressure changes in the cell and require tight regulation to prevent cell rupture. The mechanosensitive channel of small conductance (MscS) releases solutes and water when a hypo-osmotic shock raises the pressure in the cell. It is a member of a large family of MscS-like channels found in bacteria, archaea, fungi and plants and model for mechanosensation. MscS senses the increase of tension in the membrane directly by the force from the lipids, but the molecular mechanism is still elusive. We determined the lipid interactions of MscS by resolving the structure of Escherichia coli MscS embedded in membrane discs to 2.9-Å resolution using cryo-electron microscopy. The membrane is attached only to parts of the sensor paddles of MscS, but phospholipid molecules move through grooves into remote pockets on the cytosolic side. On the periplasmic side, a lipid bound by R88 at the pore entrance is separated from the membrane by TM1 helices. The N-terminus interacts with the periplasmic membrane surface. We demonstrate that the unique membrane domain of MscS promotes deep penetration of lipid molecules and shows multimodal interaction with the membrane to fine-tune tension sensing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rld.cif.gz | 331.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rld.ent.gz | 280.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rld | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30922.898 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0S1 #2: 化合物 | ChemComp-PCW / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MSCS IN NANODISCSMicrosoft Clustering Service / タイプ: COMPLEX / 詳細: MSCS WITH MSP1E3D1 AND AZOLECTINE / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
試料支持 | 詳細: QUANTIFOIL R1.2/1.3 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | ||||||||||||||||||||||||||||||
撮影 |
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-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 302157 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 2OAU Accession code: 2OAU / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 2.9 Å |