+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rid | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Vaccinia Virus DNA-dependent RNA polymerase elongation complex | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Vaccinia / RNA polymerase / Transcription / Gene expression | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component => GO:0044423 / viral transcription / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Hillen, H.S. / Bartuli, J. / Grimm, C. / Dienemann, C. / Bedenk, K. / Szalar, A. / Fischer, U. / Cramer, P. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 7件
| ||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Transcribing and Capping Vaccinia Complexes. 著者: Hauke S Hillen / Julia Bartuli / Clemens Grimm / Christian Dienemann / Kristina Bedenk / Aladar A Szalay / Utz Fischer / Patrick Cramer / 要旨: Poxviruses use virus-encoded multisubunit RNA polymerases (vRNAPs) and RNA-processing factors to generate mG-capped mRNAs in the host cytoplasm. In the accompanying paper, we report structures of ...Poxviruses use virus-encoded multisubunit RNA polymerases (vRNAPs) and RNA-processing factors to generate mG-capped mRNAs in the host cytoplasm. In the accompanying paper, we report structures of core and complete vRNAP complexes of the prototypic Vaccinia poxvirus (Grimm et al., 2019; in this issue of Cell). Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Vaccinia vRNAP in the form of a transcribing elongation complex and in the form of a co-transcriptional capping complex that contains the viral capping enzyme (CE). The trifunctional CE forms two mobile modules that bind the polymerase surface around the RNA exit tunnel. RNA extends from the vRNAP active site through this tunnel and into the active site of the CE triphosphatase. Structural comparisons suggest that growing RNA triggers large-scale rearrangements on the surface of the transcription machinery during the transition from transcription initiation to RNA capping and elongation. Our structures unravel the basis for synthesis and co-transcriptional modification of poxvirus RNA. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rid.cif.gz | 602 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6rid.ent.gz | 490.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/6rid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/6rid | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-DNA-dependent RNA polymerase subunit ... , 4種, 4分子 ABGJ
#1: タンパク質 | 分子量: 146995.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) 遺伝子: GL125 / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Variant (発現宿主): 1h439 / 参照: UniProt: B9U1I2, DNA-directed RNA polymerase |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 133526.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) 遺伝子: GL194 / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Variant (発現宿主): 1h439 / 参照: UniProt: B9U1Q1, DNA-directed RNA polymerase |
#6: タンパク質 | 分子量: 17917.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) 遺伝子: GL147 / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Variant (発現宿主): 1h439 / 参照: UniProt: B9U1K4, DNA-directed RNA polymerase |
#7: タンパク質 | 分子量: 7299.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) 遺伝子: GL107 / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Variant (発現宿主): 1h439 / 参照: UniProt: B9U1G3, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-directed RNA polymerase ... , 4種, 4分子 CEFS
#3: タンパク質 | 分子量: 35430.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) 遺伝子: GL205 / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Variant (発現宿主): 1h439 / 参照: UniProt: B9U1R2, DNA-directed RNA polymerase |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 21365.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) 遺伝子: GL123 / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Variant (発現宿主): 1h439 / 参照: UniProt: B9U1I0, DNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 19020.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) 遺伝子: GL167 / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Variant (発現宿主): 1h439 / 参照: UniProt: B9U1M4, DNA-directed RNA polymerase |
#8: タンパク質 | 分子量: 29834.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) 遺伝子: GL076 / 発現宿主: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Variant (発現宿主): 1h439 / 参照: UniProt: B9U1D1, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#9: DNA鎖 | 分子量: 14775.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) |
---|---|
#10: DNA鎖 | 分子量: 14786.517 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#11: RNA鎖 | 分子量: 9742.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) |
---|
-非ポリマー , 2種, 5分子
#12: 化合物 | ChemComp-MG / |
---|---|
#13: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 1.02 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4958 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 632458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110733 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |