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- PDB-6rfl: Structure of the complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rfl
タイトルStructure of the complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complex
要素
  • (DNA-dependent RNA polymerase subunit ...) x 4
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 4
  • Large subunit of mRNA capping enzyme
  • Nucleoside triphosphate phosphohydrolase-I
  • Putative H4L RNA polymerase-associated transcription factor RAP94
  • Small subunit of mRNA capping enzyme
  • Transcription factor VETF 82kDa large subunit
  • Virion core protein
  • chr17.trna16-GlnTTG
キーワードVIRAL PROTEIN / Vaccinia / RNA polymerase / RNA Polymerase complex / RNAP / vRNAP / complete vRNAP
機能・相同性
機能・相同性情報


polynucleotide 5'-phosphatase / virion component => GO:0044423 / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / DNA-templated transcription termination / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity ...polynucleotide 5'-phosphatase / virion component => GO:0044423 / polynucleotide 5'-phosphatase activity / viral transcription / DNA-templated transcription termination / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA guanylyltransferase / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #830 / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A - #20 / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 - #140 / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / Poxvirus early transcription factor, large subunit / Poxvirus early transcription factor (VETF), large subunit / Virion core protein, vaccinia E11L type / Nucleoside triphosphatase I, C-terminal / Chordopoxvirus E11 protein / Nucleoside triphosphatase I C-terminal ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #830 / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A - #20 / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 - #140 / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / Poxvirus early transcription factor, large subunit / Poxvirus early transcription factor (VETF), large subunit / Virion core protein, vaccinia E11L type / Nucleoside triphosphatase I, C-terminal / Chordopoxvirus E11 protein / Nucleoside triphosphatase I C-terminal / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / mRNA capping enzyme, large subunit, ATPase/guanylyltransferase, virus / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit superfamily / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / mRNA capping enzyme catalytic subunit, RNA triphosphatase domain / mRNA Triphosphatase Cet1; Chain A / RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 18 kD subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 35 kD subunit / Poxvirus RNA polymerase 22 kDa subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Chordopoxvirus DNA-directed RNA polymerase 7 kDa polypeptide (RPO7) / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase 30kDa subunit / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Vaccinia Virus protein VP39 / Helicase conserved C-terminal domain / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / Virion core protein / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / Protein H4 / GTP--RNA guanylyltransferase / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit ...RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / Virion core protein / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / Protein H4 / GTP--RNA guanylyltransferase / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / Nucleoside triphosphatase I / Virus termination factor small subunit / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / ETF large subunit / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Grimm, C. / Hillen, S.H. / Bedenk, K. / Bartuli, J. / Neyer, S. / Zhang, Q. / Huettenhofer, A. / Erlacher, M. / Dienemann, C. / Schlosser, A. ...Grimm, C. / Hillen, S.H. / Bedenk, K. / Bartuli, J. / Neyer, S. / Zhang, Q. / Huettenhofer, A. / Erlacher, M. / Dienemann, C. / Schlosser, A. / Urlaub, H. / Boettcher, B. / Szalay, A.A. / Cramer, P. / Fischer, U.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationFi 573 7-2 ドイツ
German Research FoundationFi 573 18-1 ドイツ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Vaccinia RNA Polymerase Complexes.
著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning ...著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning Urlaub / Bettina Böttcher / Aladar A Szalay / Patrick Cramer / Utz Fischer /
要旨: Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes ...Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes from Vaccinia virus at 2.8 Å resolution. The vRNAP core enzyme resembles eukaryotic RNA polymerase II (Pol II) but also reveals many virus-specific features, including the transcription factor Rap94. The complete enzyme additionally contains the transcription factor VETF, the mRNA processing factors VTF/CE and NPH-I, the viral core protein E11, and host tRNA. This complex can carry out the entire early transcription cycle. The structures show that Rap94 partially resembles the Pol II initiation factor TFIIB, that the vRNAP subunit Rpo30 resembles the Pol II elongation factor TFIIS, and that NPH-I resembles chromatin remodeling enzymes. Together with the accompanying paper (Hillen et al., 2019), these results provide the basis for unraveling the mechanisms of poxvirus transcription and RNA processing.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年12月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年12月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4868
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo132
E: DNA-directed RNA polymerase subunit
F: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
G: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo18
I: Putative H4L RNA polymerase-associated transcription factor RAP94
J: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo7
L: Small subunit of mRNA capping enzyme
O: Large subunit of mRNA capping enzyme
R: Virion core protein
K: Transcription factor VETF 82kDa large subunit
U: chr17.trna16-GlnTTG
A: DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo147
Q: Virion core protein
Y: Nucleoside triphosphate phosphohydrolase-I
C: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
S: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)843,67021
ポリマ－843,38416
非ポリマー2865
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area110370 Å2
ΔGint-559 kcal/mol
Surface area242530 Å2
手法PISA

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要素

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DNA-dependent RNA polymerase subunit ... , 4種, 4分子 BGJA

#1: タンパク質 DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo132


分子量: 133526.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL194 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1Q1, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo18


分子量: 17917.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL147 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1K4, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo7


分子量: 7299.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL107 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1G3, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-dependent RNA polymerase subunit rpo147


分子量: 146995.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL125 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1I2, DNA-directed RNA polymerase

-
DNA-directed RNA polymerase ... , 4種, 4分子 EFCS

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 21365.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL123 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1I0, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit


分子量: 19020.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL167 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1M4, DNA-directed RNA polymerase
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit


分子量: 35430.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL205 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1R2, DNA-directed RNA polymerase
#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide


分子量: 30074.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL076 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1D1, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 6種, 7分子 ILORQKY

#5: タンパク質 Putative H4L RNA polymerase-associated transcription factor RAP94 / RAP94 / RNA polymerase rpo94 / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / VACV098


分子量: 93667.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: H4L, List098, LIVPclone14_110, VAC_DPP10_113, VAC_DPP11_113, VAC_DPP12_113, VAC_DPP13_113, VAC_DPP15_113, VAC_DPP16_113, VAC_DPP17_113, VAC_DPP19_113, VAC_DPP20_113, VAC_DPP21_113, VAC_ ...遺伝子: H4L, List098, LIVPclone14_110, VAC_DPP10_113, VAC_DPP11_113, VAC_DPP12_113, VAC_DPP13_113, VAC_DPP15_113, VAC_DPP16_113, VAC_DPP17_113, VAC_DPP19_113, VAC_DPP20_113, VAC_DPP21_113, VAC_DPP9_113, VACAC2_113, VACCL3_113, VACV_098, VACV_TT9_123
発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
参照: UniProt: Q1PIU7, UniProt: B9U1I7*PLUS, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 Small subunit of mRNA capping enzyme


分子量: 33396.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL155 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
参照: UniProt: B9U1L2, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#8: タンパク質 Large subunit of mRNA capping enzyme


分子量: 96888.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL135 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1J2
#9: タンパク質 Virion core protein


分子量: 14914.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL087 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1E2
#10: タンパク質 Transcription factor VETF 82kDa large subunit


分子量: 82398.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL169 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: B9U1M6
#13: タンパク質 Nucleoside triphosphate phosphohydrolase-I


分子量: 72465.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
遺伝子: GL151 / 発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
参照: UniProt: B9U1K8, nucleoside-triphosphate phosphatase

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RNA鎖 , 1種, 1分子 U

#11: RNA鎖 chr17.trna16-GlnTTG


分子量: 23108.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 66分子

#16: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#17: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complete Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complexCOMPLEX#1-#150MULTIPLE SOURCES
2Vaccinia DNA-dependent RNA polymerase complexCOMPLEX#1-#10, #12-#151RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#111RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Vaccinia virus GLV-1H68 (ウイルス)502057
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Vaccinia virus GLV-1H68 (ウイルス)502057
23Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.1_3469: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 618338 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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