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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6reb | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Polytomella F-ATP synthase, Rotary substate 3A, composite map | |||||||||
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![]() | PROTON TRANSPORT / mitochondrial ATP synthase dimer flexible coupling cryoEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() thylakoid / : / : / : / : / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / : / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis ...thylakoid / : / : / : / : / photosynthetic electron transport in photosystem I / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / : / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / chloroplast thylakoid membrane / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Murphy, B.J. / Klusch, N. / Yildiz, O. / Kuhlbrandt, W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rotary substates of mitochondrial ATP synthase reveal the basis of flexible F-F coupling. 著者: Bonnie J Murphy / Niklas Klusch / Julian Langer / Deryck J Mills / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / ![]() 要旨: FF-adenosine triphosphate (ATP) synthases make the energy of the proton-motive force available for energy-consuming processes in the cell. We determined the single-particle cryo-electron microscopy ...FF-adenosine triphosphate (ATP) synthases make the energy of the proton-motive force available for energy-consuming processes in the cell. We determined the single-particle cryo-electron microscopy structure of active dimeric ATP synthase from mitochondria of sp. at a resolution of 2.7 to 2.8 angstroms. Separation of 13 well-defined rotary substates by three-dimensional classification provides a detailed picture of the molecular motions that accompany -ring rotation and result in ATP synthesis. Crucially, the F head rotates along with the central stalk and -ring rotor for the first ~30° of each 120° primary rotary step to facilitate flexible coupling of the stoichiometrically mismatched F and F subcomplexes. Flexibility is mediated primarily by the interdomain hinge of the conserved OSCP subunit. A conserved metal ion in the proton access channel may synchronize -ring protonation with rotation. | |||||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 966.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4848MC ![]() 4805C ![]() 4806C ![]() 4807C ![]() 4808C ![]() 4809C ![]() 4810C ![]() 4811C ![]() 4812C ![]() 4813C ![]() 4814C ![]() 4815C ![]() 4816C ![]() 4817C ![]() 4818C ![]() 4819C ![]() 4820C ![]() 4821C ![]() 4822C ![]() 4823C ![]() 4824C ![]() 4825C ![]() 4826C ![]() 4827C ![]() 4828C ![]() 4829C ![]() 4830C ![]() 4831C ![]() 4832C ![]() 4833C ![]() 4834C ![]() 4835C ![]() 4836C ![]() 4837C ![]() 4838C ![]() 4839C ![]() 4840C ![]() 4841C ![]() 4842C ![]() 4843C ![]() 4844C ![]() 4845C ![]() 4846C ![]() 4847C ![]() 4849C ![]() 4850C ![]() 4851C ![]() 4852C ![]() 4853C ![]() 4854C ![]() 4855C ![]() 4856C ![]() 4857C ![]() 6rd4C ![]() 6rd5C ![]() 6rd6C ![]() 6rd7C ![]() 6rd8C ![]() 6rd9C ![]() 6rdaC ![]() 6rdbC ![]() 6rdcC ![]() 6rddC ![]() 6rdeC ![]() 6rdfC ![]() 6rdgC ![]() 6rdhC ![]() 6rdiC ![]() 6rdjC ![]() 6rdkC ![]() 6rdlC ![]() 6rdmC ![]() 6rdnC ![]() 6rdoC ![]() 6rdpC ![]() 6rdqC ![]() 6rdrC ![]() 6rdsC ![]() 6rdtC ![]() 6rduC ![]() 6rdvC ![]() 6rdwC ![]() 6rdxC ![]() 6rdyC ![]() 6rdzC ![]() 6re0C ![]() 6re1C ![]() 6re2C ![]() 6re3C ![]() 6re4C ![]() 6re5C ![]() 6re6C ![]() 6re7C ![]() 6re8C ![]() 6re9C ![]() 6reaC ![]() 6recC ![]() 6redC ![]() 6reeC ![]() 6refC ![]() 6repC ![]() 6rerC ![]() 6resC ![]() 6retC ![]() 6reuC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 43.8 TB Data #1: Unaligned frames, gain reference corrected [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 029Q
#1: タンパク質 | 分子量: 8731.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 44842.121 Da / 分子数: 1 / Mutation: P165F, N167S / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 11001.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 8205.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-ATP synthase ... , 4種, 8分子 1STUVXYZ
#2: タンパク質 | 分子量: 68679.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#16: タンパク質 | 分子量: 34639.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#17: タンパク質 | 分子量: 60766.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 61939.070 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated ... , 2種, 2分子 35
#4: タンパク質 | 分子量: 34850.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 14004.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Mitochondrial ATP synthase associated protein ... , 2種, 2分子 47
#5: タンパク質 | 分子量: 31275.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 20553.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Mitochondrial ATP synthase subunit ... , 6種, 15分子 68ABCDEFGHIJMPR
#7: タンパク質 | 分子量: 15904.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||
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#9: タンパク質 | 分子量: 9883.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||
#11: タンパク質 | 分子量: 12664.013 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 34802.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #13: タンパク質 | | 分子量: 25530.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #15: タンパク質 | | 分子量: 20880.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 4種, 11分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#19: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#20: 化合物 | #21: 化合物 | ChemComp-MG / #22: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mitochondrial F-ATP synthase dimer from Polytomella sp. Pringsheim 198.80 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.6 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 3840 / 縦: 3712 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 735197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74956 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL |