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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ray | ||||||
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タイトル | D. melanogaster CMG-DNA, State 2A | ||||||
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![]() | REPLICATION / Helicase / ATPase / AAA+ / DNA unwinding | ||||||
機能・相同性 | ![]() Unwinding of DNA / Switching of origins to a post-replicative state / Assembly of the pre-replicative complex / DNA endoreduplication / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / GINS complex ...Unwinding of DNA / Switching of origins to a post-replicative state / Assembly of the pre-replicative complex / DNA endoreduplication / Activation of ATR in response to replication stress / Activation of the pre-replicative complex / eggshell chorion gene amplification / Orc1 removal from chromatin / DNA amplification / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / resolution of meiotic recombination intermediates / premeiotic DNA replication / mitotic DNA replication / CMG complex / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / chromosome condensation / single-stranded DNA helicase activity / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / 3'-5' DNA helicase activity / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / regulation of DNA-templated transcription elongation / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA helicase / cell division / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.28 Å | ||||||
![]() | Eickhoff, P. / Martino, F. / Costa, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular Basis for ATP-Hydrolysis-Driven DNA Translocation by the CMG Helicase of the Eukaryotic Replisome. 著者: Patrik Eickhoff / Hazal B Kose / Fabrizio Martino / Tatjana Petojevic / Ferdos Abid Ali / Julia Locke / Nele Tamberg / Andrea Nans / James M Berger / Michael R Botchan / Hasan Yardimci / Alessandro Costa / ![]() ![]() ![]() 要旨: In the eukaryotic replisome, DNA unwinding by the Cdc45-MCM-Go-Ichi-Ni-San (GINS) (CMG) helicase requires a hexameric ring-shaped ATPase named minichromosome maintenance (MCM), which spools single- ...In the eukaryotic replisome, DNA unwinding by the Cdc45-MCM-Go-Ichi-Ni-San (GINS) (CMG) helicase requires a hexameric ring-shaped ATPase named minichromosome maintenance (MCM), which spools single-stranded DNA through its central channel. Not all six ATPase sites are required for unwinding; however, the helicase mechanism is unknown. We imaged ATP-hydrolysis-driven translocation of the CMG using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and found that the six MCM subunits engage DNA using four neighboring protomers at a time, with ATP binding promoting DNA engagement. Morphing between different helicase states leads us to suggest a non-symmetric hand-over-hand rotary mechanism, explaining the asymmetric requirements of ATPase function around the MCM ring of the CMG. By imaging of a higher-order replisome assembly, we find that the Mrc1-Csm3-Tof1 fork-stabilization complex strengthens the interaction between parental duplex DNA and the CMG at the fork, which might support the coupling between DNA translocation and fork unwinding. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 893.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 727.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 163.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 239.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 347652
#1: タンパク質 | 分子量: 91045.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Mcm3, Mcm3-RA, CG4206 / 発現宿主: ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 96735.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: dpa, CG1616 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 81399.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Mcm7, CG4978 / 発現宿主: ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 92467.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Mcm6, CG4039 / 発現宿主: ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 82375.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Mcm5, CG4082 / 発現宿主: ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 100537.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Mcm2, CG7538 / 発現宿主: ![]() |
-タンパク質 , 5種, 5分子 AHLMN
#6: タンパク質 | 分子量: 65968.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CDC45L, anon-1Ec, CDC45, Cdc45, cdc45, D, dCDC45, dCDC45L, DmCdc45, Dmel\CG3658, EG:BACR7A4.11, CG3658, Dmel_CG3658 発現宿主: ![]() |
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#7: タンパク質 | 分子量: 23333.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Psf1, CG9187-PA, Dmel\CG9187, psf1, CG9187, Dmel_CG9187 発現宿主: ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 23141.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Psf2, CG18013 / 発現宿主: ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 24829.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Psf3, Dmel\CG2222, CG2222, Dmel_CG2222 / 発現宿主: ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 26148.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Sld5, anon-WO0172774.61, Dmel\CG14549, CG14549, Dmel_CG14549 発現宿主: ![]() |
-DNA鎖 , 1種, 1分子 X
#12: DNA鎖 | 分子量: 3918.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#13: 化合物 | ChemComp-ATP / #14: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52214 / 対称性のタイプ: POINT |