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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pom | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the full-length Bacillus subtilis glyQS T-box riboswitch in complex with tRNA-Gly | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA / RNA complex / riboswitch / transcription attenuation / stacking. | ||||||
機能・相同性 | : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||
データ登録者 | Li, S. / Su, Z. / Zhang, J. / Chiu, W. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structural basis of amino acid surveillance by higher-order tRNA-mRNA interactions. 著者: Shuang Li / Zhaoming Su / Jean Lehmann / Vassiliki Stamatopoulou / Nikoleta Giarimoglou / Frances E Henderson / Lixin Fan / Grigore D Pintilie / Kaiming Zhang / Muyuan Chen / Steven J Ludtke ...著者: Shuang Li / Zhaoming Su / Jean Lehmann / Vassiliki Stamatopoulou / Nikoleta Giarimoglou / Frances E Henderson / Lixin Fan / Grigore D Pintilie / Kaiming Zhang / Muyuan Chen / Steven J Ludtke / Yun-Xing Wang / Constantinos Stathopoulos / Wah Chiu / Jinwei Zhang / 要旨: Amino acid availability in Gram-positive bacteria is monitored by T-box riboswitches. T-boxes directly bind tRNAs, assess their aminoacylation state, and regulate the transcription or translation of ...Amino acid availability in Gram-positive bacteria is monitored by T-box riboswitches. T-boxes directly bind tRNAs, assess their aminoacylation state, and regulate the transcription or translation of downstream genes to maintain nutritional homeostasis. Here, we report cocrystal and cryo-EM structures of Geobacillus kaustophilus and Bacillus subtilis T-box-tRNA complexes, detailing their multivalent, exquisitely selective interactions. The T-box forms a U-shaped molecular vise that clamps the tRNA, captures its 3' end using an elaborate 'discriminator' structure, and interrogates its aminoacylation state using a steric filter fashioned from a wobble base pair. In the absence of aminoacylation, T-boxes clutch tRNAs and form a continuously stacked central spine, permitting transcriptional readthrough or translation initiation. A modeled aminoacyl disrupts tRNA-T-box stacking, severing the central spine and blocking gene expression. Our data establish a universal mechanism of amino acid sensing on tRNAs and gene regulation by T-box riboswitches and exemplify how higher-order RNA-RNA interactions achieve multivalency and specificity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pom.cif.gz | 119.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pom.ent.gz | 86.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pom.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pom_validation.pdf.gz | 692 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pom_full_validation.pdf.gz | 696.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6pom_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pom_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6pom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6pom | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 54730.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: glyQS 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) 参照: GenBank: 2627063 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 24156.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) 発現宿主: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) 参照: GenBank: 1560688081 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T-box-tRNAGly complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.075 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: in vitro transcription vector pT7-TP(deltai) (その他) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279 K / 詳細: 3 uL sample blot once for 3s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 79 K / 最低温度: 79 K |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5600 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Motion corrected by MotionCor2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1962681 / 詳細: neural network particle picking module in EMAN2.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 189361 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: model map cross correlation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 4LCK / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 4LCK / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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拘束条件 |
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