[日本語] English
万見
- PDB-6pif: V. cholerae TniQ-Cascade complex, open conformation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pif
タイトルV. cholerae TniQ-Cascade complex, open conformation
要素
  • (TniQ monomer ...) x 2
  • Cas7, type I-F CRISPR-associated protein
  • cas5_8 naturally occurring fusion protein
  • guide RNA (60-MER)
  • type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR/Cas / Cascade / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Halpin-Healy, T. / Klompe, S. / Sternberg, S.H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis of DNA targeting by a transposon-encoded CRISPR-Cas system.
著者: Tyler S Halpin-Healy / Sanne E Klompe / Samuel H Sternberg / Israel S Fernández /
要旨: Bacteria use adaptive immune systems encoded by CRISPR and Cas genes to maintain genomic integrity when challenged by pathogens and mobile genetic elements. Type I CRISPR-Cas systems typically ...Bacteria use adaptive immune systems encoded by CRISPR and Cas genes to maintain genomic integrity when challenged by pathogens and mobile genetic elements. Type I CRISPR-Cas systems typically target foreign DNA for degradation via joint action of the ribonucleoprotein complex Cascade and the helicase-nuclease Cas3, but nuclease-deficient type I systems lacking Cas3 have been repurposed for RNA-guided transposition by bacterial Tn7-like transposons. How CRISPR- and transposon-associated machineries collaborate during DNA targeting and insertion remains unknown. Here we describe structures of a TniQ-Cascade complex encoded by the Vibrio cholerae Tn6677 transposon using cryo-electron microscopy, revealing the mechanistic basis of this functional coupling. The cryo-electron microscopy maps enabled de novo modelling and refinement of the transposition protein TniQ, which binds to the Cascade complex as a dimer in a head-to-tail configuration, at the interface formed by Cas6 and Cas7 near the 3' end of the CRISPR RNA (crRNA). The natural Cas8-Cas5 fusion protein binds the 5' crRNA handle and contacts the TniQ dimer via a flexible insertion domain. A target DNA-bound structure reveals critical interactions necessary for protospacer-adjacent motif recognition and R-loop formation. This work lays the foundation for a structural understanding of how DNA targeting by TniQ-Cascade leads to downstream recruitment of additional transposase proteins, and will guide protein engineering efforts to leverage this system for programmable DNA insertions in genome-engineering applications.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年6月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct / Item: _audit_author.name / _struct.title
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20349
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cas7, type I-F CRISPR-associated protein
B: Cas7, type I-F CRISPR-associated protein
C: Cas7, type I-F CRISPR-associated protein
D: Cas7, type I-F CRISPR-associated protein
E: Cas7, type I-F CRISPR-associated protein
F: Cas7, type I-F CRISPR-associated protein
G: cas5_8 naturally occurring fusion protein
H: type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
I: TniQ monomer 1
J: TniQ monomer 2
1: guide RNA (60-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)421,49911
ポリマ－421,49911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Cas7, type I-F CRISPR-associated protein


分子量: 39517.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 cas5_8 naturally occurring fusion protein


分子量: 58266.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4


分子量: 22999.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
TniQ monomer ... , 2種, 2分子 IJ

#4: タンパク質 TniQ monomer 1


分子量: 41517.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 TniQ monomer 2


分子量: 42373.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 1

#6: RNA鎖 guide RNA (60-MER)


分子量: 19237.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: VC-Tn667 transposon encoded CRISPR/Cas effector / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMhepes-kohhepes1
2200 mMsodium chlorideNaCl1
32 mMditiotreitolDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 85000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.4→3.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.852 / SU B: 26.769 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.819
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3305 --
obs0.3305 176517 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.69 Å2 / Biso mean: 89.648 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0.24 Å20.81 Å2
2---0.22 Å2-1.1 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→182.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27683 1271 0 0 28954
残基数----3508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0040.01329748
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.01726125
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.3681.62340638
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.0711.60460751
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg10.2055.4183719
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg31.33422.1551522
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.603154724
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg15.23815176
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0630.23948
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.0232235
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.026532
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.425 13073 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る