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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p6f | |||||||||||||||
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タイトル | BG505 SOSIP-I53-50NP | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGEN / nanoparticle / self-assembling / HIV / SOSIP | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Berndsen, Z.T. / Ward, A.B. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Enhancing and shaping the immunogenicity of native-like HIV-1 envelope trimers with a two-component protein nanoparticle. 著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Zachary Berndsen / Anila Yasmeen / Brooke Fiala / Tom P L Bijl / Ilja Bontjer / Jacob B Bale / William Sheffler / Joel D Allen / Anna Schorcht ...著者: Philip J M Brouwer / Aleksandar Antanasijevic / Zachary Berndsen / Anila Yasmeen / Brooke Fiala / Tom P L Bijl / Ilja Bontjer / Jacob B Bale / William Sheffler / Joel D Allen / Anna Schorcht / Judith A Burger / Miguel Camacho / Daniel Ellis / Christopher A Cottrell / Anna-Janina Behrens / Marco Catalano / Iván Del Moral-Sánchez / Thomas J Ketas / Celia LaBranche / Marit J van Gils / Kwinten Sliepen / Lance J Stewart / Max Crispin / David C Montefiori / David Baker / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / Rogier W Sanders / 要旨: The development of native-like HIV-1 envelope (Env) trimer antigens has enabled the induction of neutralizing antibody (NAb) responses against neutralization-resistant HIV-1 strains in animal models. ...The development of native-like HIV-1 envelope (Env) trimer antigens has enabled the induction of neutralizing antibody (NAb) responses against neutralization-resistant HIV-1 strains in animal models. However, NAb responses are relatively weak and narrow in specificity. Displaying antigens in a multivalent fashion on nanoparticles (NPs) is an established strategy to increase their immunogenicity. Here we present the design and characterization of two-component protein NPs displaying 20 stabilized SOSIP trimers from various HIV-1 strains. The two-component nature permits the incorporation of exclusively well-folded, native-like Env trimers into NPs that self-assemble in vitro with high efficiency. Immunization studies show that the NPs are particularly efficacious as priming immunogens, improve the quality of the Ab response over a conventional one-component nanoparticle system, and are most effective when SOSIP trimers with an apex-proximate neutralizing epitope are displayed. Their ability to enhance and shape the immunogenicity of SOSIP trimers make these NPs a promising immunogen platform. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p6f.cif.gz | 89.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p6f.ent.gz | 63.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p6f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6p6f_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6p6f_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6p6f_validation.xml.gz | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6p6f_validation.cif.gz | 55.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/6p6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/6p6f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
2 |
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99386.711 Da / 分子数: 1 / 断片: fusion of BG505 SOSIP.664 + GSG linker + I53-50A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18236.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 10 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3590 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |