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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ody | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Helicobacter pylori VacA hexamer | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Vacuolating cytotoxin autotransporter | ||||||||||||||||||||||||
![]() | TOXIN / VacA | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cell outer membrane / toxin activity / periplasmic space / cell surface / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Erwin, A.L. / Cover, T.L. / Ohi, M.D. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Analysis Reveals Structural Basis of Helicobacter pylori VacA Toxin Oligomerization. 著者: Min Su / Amanda L Erwin / Anne M Campbell / Tasia M Pyburn / Lauren E Salay / Jessica L Hanks / D Borden Lacy / David L Akey / Timothy L Cover / Melanie D Ohi / ![]() 要旨: Helicobacter pylori colonizes the human stomach and contributes to the development of gastric cancer and peptic ulcer disease. H. pylori secretes a pore-forming toxin called vacuolating cytotoxin A ...Helicobacter pylori colonizes the human stomach and contributes to the development of gastric cancer and peptic ulcer disease. H. pylori secretes a pore-forming toxin called vacuolating cytotoxin A (VacA), which contains two domains (p33 and p55) and assembles into oligomeric structures. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have determined low-resolution structures of a VacA dodecamer and heptamer, as well as a 3.8-Å structure of the VacA hexamer. These analyses show that VacA p88 consists predominantly of a right-handed beta-helix that extends from the p55 domain into the p33 domain. We map the regions of p33 and p55 involved in hexamer assembly, model how interactions between protomers support heptamer formation, and identify surfaces of VacA that likely contact membrane. This work provides structural insights into the process of VacA oligomerization and identifies regions of VacA protomers that are predicted to contact the host cell surface during channel formation. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 597.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 511.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 988.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 102.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 159.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70392.578 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Vacuolating cytotoxin A / タイプ: COMPLEX / 詳細: Hexamer / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.528 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133827 / 対称性のタイプ: POINT |