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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o1p | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full length TRPV5 in nanodisc | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / ion channel / TRP channel | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding ...regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Dang, S. / van Goor, M.K. / Asarnow, D. / Wang, Y. / Julius, D. / Cheng, Y. / van der Wijst, J. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insight into TRPV5 channel function and modulation. 著者: Shangyu Dang / Mark K van Goor / Daniel Asarnow / YongQiang Wang / David Julius / Yifan Cheng / Jenny van der Wijst / ![]() ![]() 要旨: TRPV5 (transient receptor potential vanilloid 5) is a unique calcium-selective TRP channel essential for calcium homeostasis. Unlike other TRPV channels, TRPV5 and its close homolog, TRPV6, do not ...TRPV5 (transient receptor potential vanilloid 5) is a unique calcium-selective TRP channel essential for calcium homeostasis. Unlike other TRPV channels, TRPV5 and its close homolog, TRPV6, do not exhibit thermosensitivity or ligand-dependent activation but are constitutively open at physiological membrane potentials and modulated by calmodulin (CaM) in a calcium-dependent manner. Here we report high-resolution electron cryomicroscopy structures of truncated and full-length TRPV5 in lipid nanodiscs, as well as of a TRPV5 W583A mutant and TRPV5 in complex with CaM. These structures highlight the mechanism of calcium regulation and reveal a flexible stoichiometry of CaM binding to TRPV5. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 425.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 351.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0594MC ![]() 0593C ![]() 0605C ![]() 0607C ![]() 6o1nC ![]() 6o1uC ![]() 6o20C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 100.1 Data #1: Automated picked particle stack of TRPV5 full length in nanodisc [picked particles - single frame - unprocessed]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82899.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TRPV5 ion channel / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 930 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 408785 / 詳細: automated picked | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87603 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6O1N Accession code: 6O1N / Source name: PDB / タイプ: experimental model |