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- PDB-6nef: Outer Membrane Cytochrome S Filament from Geobacter Sulfurreducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nef
タイトルOuter Membrane Cytochrome S Filament from Geobacter Sulfurreducens
要素C-type cytochrome OmcS
キーワードPROTEIN FIBRIL / Conductive / filament / nanowire / SIX-HEME MULTIHEME C-TYPE CYTOCHROME
機能・相同性: / Multiheme cytochrome superfamily / anaerobic respiration / cell outer membrane / electron transfer activity / cell surface / metal ion binding / HEME C / C-type cytochrome OmcS
機能・相同性情報
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Filman, D.J. / Marino, S.F. / Ward, J.E. / Yang, L. / Mester, Z. / Bullitt, E. / Lovley, D.R. / Strauss, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentN00014-16-1-2526 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM reveals the structural basis of long-range electron transport in a cytochrome-based bacterial nanowire.
著者: David J Filman / Stephen F Marino / Joy E Ward / Lu Yang / Zoltán Mester / Esther Bullitt / Derek R Lovley / Mike Strauss /
要旨: Electrically conductive pili from species, termed bacterial nanowires, are intensely studied for their biological significance and potential in the development of new materials. Using cryo-electron ...Electrically conductive pili from species, termed bacterial nanowires, are intensely studied for their biological significance and potential in the development of new materials. Using cryo-electron microscopy, we have characterized nanowires from conductive pili preparations that are composed solely of head-to-tail stacked monomers of the six-heme C-type cytochrome OmcS. The unique fold of OmcS - closely wrapped around a continuous stack of hemes that can serve as an uninterrupted path for electron transport - generates a scaffold that supports the unbranched chain of hemes along the central axis of the filament. We present here, at 3.4 Å resolution, the structure of this cytochrome-based filament and discuss its possible role in long-range biological electron transport.
履歴
登録2018年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02019年9月11日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / refine / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _refine.ls_d_res_high / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - representative helical assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9357
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9357
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type cytochrome OmcS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7218
ポリマ－42,9861
非ポリマー3,7357
水00
1
A: C-type cytochrome OmcS
ヘテロ分子
x 9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)420,49272
ポリマ－386,8749
非ポリマー33,61863
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation8
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 9 / Rise per n subunits: 47.5 Å / Rotation per n subunits: 83.01 °)
詳細SOME OBSERVED FILAMENTS ARE HUNDREDS OF SUBUNITS LONG

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要素

#1: タンパク質 C-type cytochrome OmcS / Outer membrane cytochrome S


分子量: 42986.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: SIX-HEME MULTIHEME C-TYPE CYTOCHROME, PROTEIN FIBRIL
由来: (天然) Geobacter sulfurreducens (strain ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA) (バクテリア)
株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA / 参照: UniProt: Q74A86
#2: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Outer Membrane Cytochrome S filament as a bacterial nanowire
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample contained thick (4nm) and thin (3nm) filaments. This reconstruction is of the thick filaments.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0238 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM3.7 beta画像取得
4RELION3CTF補正
7Cootモデルフィッティング
14REFMAC5.8.0238モデル精密化
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 83.01 ° / 軸方向距離/サブユニット: 47.5 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 462964 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: maximum likelihood with phases
詳細: Atomic model was built de novo visually and repeatedly rebuilt visually using Coot and SPDBV. After each round of manual rebuilding, the parameters of the atomic model underwent ...詳細: Atomic model was built de novo visually and repeatedly rebuilt visually using Coot and SPDBV. After each round of manual rebuilding, the parameters of the atomic model underwent stereochemically restrained reciprocal space refinement, using either Refmac5 or Phenix.autobuild or both, using as a reference the amplitudes and phases of the Fourier transform of a portion of the cryoEM reconstruction. For convenience, a single-subunit model was initially built to fit an approximation of the reference map in space group P4(3), which was subsequently replaced by a three-subunit model, using the authentic helical parameters of the map. one of the two axial ligands for HEM 505 is ne2 of his 41 from a neighboring helical-symmetry-related protein chain.
精密化最高解像度: 3.4 Å
詳細: ONE OF THE TWO AXIAL LIGANDS FOR HEM 505 IS NE2 OF HIS 41 FROM A NEIGHBORING HELICAL-SYMMETRY-RELATED PROTEIN CHAIN
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 9648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0120.01210069
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.6221.78513875
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg2.88451218
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg24.32422.148405
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.373151221
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg16.9131539
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1960.21242
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.027995
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it7.2965.1134881
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it12.8467.6546096
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it5.2624.0715188
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined21.03657.96217410
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.421→3.606 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.49 7959 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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