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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ncl | ||||||
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タイトル | Near-atomic structure of icosahedrally averaged PBCV-1 capsid | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / tape-measure protein / minor capsid proteins / zip protein / giant virus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Fang, Q. / Rossmann, M.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Near-atomic structure of a giant virus. 著者: Qianglin Fang / Dongjie Zhu / Irina Agarkova / Jagat Adhikari / Thomas Klose / Yue Liu / Zhenguo Chen / Yingyuan Sun / Michael L Gross / James L Van Etten / Xinzheng Zhang / Michael G Rossmann / 要旨: Although the nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are one of the largest group of viruses that infect many eukaryotic hosts, the near-atomic resolution structures of these viruses have ...Although the nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) are one of the largest group of viruses that infect many eukaryotic hosts, the near-atomic resolution structures of these viruses have remained unknown. Here we describe a 3.5 Å resolution icosahedrally averaged capsid structure of Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1). This structure consists of 5040 copies of the major capsid protein, 60 copies of the penton protein and 1800 minor capsid proteins of which there are 13 different types. The minor capsid proteins form a hexagonal network below the outer capsid shell, stabilizing the capsid by binding neighboring capsomers together. The size of the viral capsid is determined by a tape-measure, minor capsid protein of which there are 60 copies in the virion. Homologs of the tape-measure protein and some of the other minor capsid proteins exist in other NCLDVs. Thus, a similar capsid assembly pathway might be used by other NCLDVs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ncl.cif.gz | 6.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ncl.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6ncl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ncl_validation.pdf.gz | 727.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ncl_full_validation.pdf.gz | 738.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ncl_validation.xml.gz | 720.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ncl_validation.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6ncl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6ncl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0436MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
2 |
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 15種, 115分子 a0a1a2a3a4a5a6a7a8a9b0b1b2b3b4b5b7b8c0c1l5b6c2c3c4c5c6c7c8c9...
#1: タンパク質 | 分子量: 38502.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q98550 | ||||||||||||||||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 23407.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q98459 | ||||||||||||||||||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 31223.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q98505 #4: タンパク質 | | 分子量: 29505.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q84580 #5: タンパク質 | | 分子量: 24036.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q84523 #6: タンパク質 | | 分子量: 18281.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q84626 #7: タンパク質 | | 分子量: 17715.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q84459 #8: タンパク質 | | 分子量: 16455.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q98576 #9: タンパク質 | 分子量: 23322.656 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q84666 #10: タンパク質 | | 分子量: 63888.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q84656 #11: タンパク質 | 分子量: 20637.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: O41054 #12: タンパク質 | 分子量: 19116.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q98573 #13: タンパク質 | | 分子量: 19226.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: O41126 #14: タンパク質 | 分子量: 48199.625 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: P30328 #15: タンパク質 | | 分子量: 11070.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) 参照: UniProt: Q98473 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 24.4 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 13000 / 対称性のタイプ: POINT |