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- PDB-6n3j: MicroED Structure of the CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n3j
タイトルMicroED Structure of the CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
要素CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
キーワードVIRAL PROTEIN / Bevirimat / HIV-1 Gag / MicroED / Immature Hexagonal Lattice
機能・相同性
機能・相同性情報


host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex ...host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / Membrane binding and targetting of GAG proteins / viral process / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal ...Retrovirus capsid C-terminal domain / Gag protein p6 / Gag protein p6 / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag protein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
Model detailsDrug-free Gag CTD-SP1
データ登録者Purdy, M.D. / Shi, D. / Hattne, J. / Chrustowicz, J.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)5 P50 GM082545-10 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM066087 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50 GM082545 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM12850 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: MicroED structures of HIV-1 Gag CTD-SP1 reveal binding interactions with the maturation inhibitor bevirimat.
著者: Michael D Purdy / Dan Shi / Jakub Chrustowicz / Johan Hattne / Tamir Gonen / Mark Yeager /
要旨: HIV-1 protease (PR) cleavage of the Gag polyprotein triggers the assembly of mature, infectious particles. Final cleavage of Gag occurs at the junction helix between the capsid protein CA and the SP1 ...HIV-1 protease (PR) cleavage of the Gag polyprotein triggers the assembly of mature, infectious particles. Final cleavage of Gag occurs at the junction helix between the capsid protein CA and the SP1 spacer peptide. Here we used MicroED to delineate the binding interactions of the maturation inhibitor bevirimat (BVM) using very thin frozen-hydrated, 3D microcrystals of a CTD-SP1 Gag construct with and without bound BVM. The 2.9-Å MicroED structure revealed that a single BVM molecule stabilizes the six-helix bundle via both electrostatic interactions with the dimethylsuccinyl moiety and hydrophobic interactions with the pentacyclic triterpenoid ring. These results provide insight into the mechanism of action of BVM and related maturation inhibitors that will inform further drug discovery efforts. This study also demonstrates the capabilities of MicroED for structure-based drug design.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_radiation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
B: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
C: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
D: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
E: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
F: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1576
ポリマ－73,1576
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area27320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.614, 122.552, 78.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag


分子量: 12192.895 Da / 分子数: 6 / 断片: CTD-SP1 / 変異: P373T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A248SMC7, UniProt: P04591*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: .01217387 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: NL4-3
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) / プラスミド: pet30b
ウイルスについての詳細単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.1 MBis-Tris Propane1
21.1 MLithium sulfateLiSO41
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Glow discharge 30s each side / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane, 1.1 M LiSO4

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 0.05 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 6
詳細: Data from 6 crystals was merged for structure determination.
EM回折カメラ長: 2000 mm
EM回折 シェル
解像度 (Å)IDEM diffraction stats-IDフーリエ空間範囲 (%)多重度構造因子数位相残差 (°)
3-19.91179.85.7104801
3-3.22178.75.710061
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 79.8 % / 再高解像度: 3 Å / 測定した強度の数: 10480 / 構造因子数: 10480 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.564 / Rsym: 0.255
放射光源由来: ELECTRON MICROSCOPE / 波長: 0.0251 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: electron
放射波長波長: 0.0251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→27.5 Å / Num. obs: 10480 / % possible obs: 79.8 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 55.82 Å2 / CC1/2: 0.9 / Rpim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 1006 / CC1/2: 0.35 / Rpim(I) all: 1.324 / % possible all: 78.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_2747精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXdev-2747分子置換
11AIMLESScrystallography merging
13PHENIXdev-2747モデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 96.55 ° / A: 70.61 Å / B: 122.55 Å / C: 78.7 Å / 空間群名: C121 / 空間群番号: 5
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 41.1 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 5I4T

5i4t


Accession code: 5I4T / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i4t

5i4t


解像度: 3→19.863 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2916 1049 10.01 %
Rwork0.2536 --
obs0.2576 10477 78.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 215.22 Å2 / Biso mean: 46.1189 Å2 / Biso min: 6.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→19.863 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3805 0 0 0 3805
残基数----545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0033883
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.5615295
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.034635
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.002686
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d11.3441333
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0002-3.15780.44961310.37611286141775
3.1578-3.35470.33931430.33951322146577
3.3547-3.61230.34071610.30621339150079
3.6123-3.97320.31441690.25041364153380
3.9732-4.54210.23441600.20691357151780
4.5421-5.70010.25841250.21471397152280
5.7001-19.86360.25811600.2251363152379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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