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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lod | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the air-oxidized photosynthetic alternative complex III from Roseiflexus castenholzii | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / quinol:electron acceptor oxidoreductase | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 molybdopterin cofactor binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Roseiflexus castenholzii (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Shi, Y. / Xin, Y.Y. / Wang, C. / Blankenship, R.E. / Sun, F. / Xu, X.L. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of the air-oxidized and dithionite-reduced photosynthetic alternative complex III from . 著者: Yang Shi / Yueyong Xin / Chao Wang / Robert E Blankenship / Fei Sun / Xiaoling Xu / 要旨: Alternative complex III (ACIII) is a multisubunit quinol:electron acceptor oxidoreductase that couples quinol oxidation with transmembrane proton translocation in both the respiratory and ...Alternative complex III (ACIII) is a multisubunit quinol:electron acceptor oxidoreductase that couples quinol oxidation with transmembrane proton translocation in both the respiratory and photosynthetic electron transport chains of bacteria. The coupling mechanism, however, is poorly understood. Here, we report the cryo-EM structures of air-oxidized and dithionite-reduced ACIII from the photosynthetic bacterium at 3.3- and 3.5-Å resolution, respectively. We identified a menaquinol binding pocket and an electron transfer wire comprising six hemes and four iron-sulfur clusters that is capable of transferring electrons to periplasmic acceptors. We detected a proton translocation passage in which three strictly conserved, mid-passage residues are likely essential for coupling the redox-driven proton translocation across the membrane. These results allow us to propose a previously unrecognized coupling mechanism that links the respiratory and photosynthetic functions of ACIII. This study provides a structural basis for further investigation of the energy transformation mechanisms in bacterial photosynthesis and respiration. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lod.cif.gz | 425.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lod.ent.gz | 347.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lod.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lod_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lod_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lod_validation.xml.gz | 65.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lod_validation.cif.gz | 98.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6lod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6lod | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCE
#1: タンパク質 | 分子量: 26076.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) (バクテリア) 参照: UniProt: A7NJ87 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 102515.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) (バクテリア) 参照: UniProt: A7NJ88 |
#3: タンパク質 | 分子量: 53938.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) (バクテリア) 参照: UniProt: A7NJ89 |
#5: タンパク質 | 分子量: 18252.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) (バクテリア) 参照: UniProt: A7NJ91 |
-Uncharacterized protein ... , 2種, 2分子 DF
#4: タンパク質 | 分子量: 21070.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) (バクテリア) 参照: UniProt: A7NJ90 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 46545.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) (バクテリア) 参照: UniProt: A7NJ92 |
-非ポリマー , 4種, 12分子
#7: 化合物 | ChemComp-HEC / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-F3S / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Air-oxidized alternative complex III / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4, #6 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Roseiflexus castenholzii (strain DSM 13941 / HLO8) (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 257815 |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177489 / 対称性のタイプ: POINT |