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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lo8 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the TIM22 complex from yeast | ||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / mitochondrial import / Tim22 / protein translocation / membrane protein insertion | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / Citric acid cycle (TCA cycle) / lipid kinase activity / Mitochondrial protein import / mitochondrion targeting sequence binding / succinate dehydrogenase activity / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein transmembrane transport ...mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / Citric acid cycle (TCA cycle) / lipid kinase activity / Mitochondrial protein import / mitochondrion targeting sequence binding / succinate dehydrogenase activity / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein transmembrane transport / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / sphingolipid metabolic process / response to arsenic-containing substance / cellular respiration / response to osmotic stress / protein transmembrane transporter activity / quinone binding / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial intermembrane space / phospholipid binding / unfolded protein binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / phosphorylation / apoptotic process / mitochondrion / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å | ||||||
![]() | Zhang, Y. / Zhou, X. / Wu, X. / Li, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the mitochondrial TIM22 complex from yeast. 著者: Yutong Zhang / Xiaomin Ou / Xuezheng Wang / Dongjie Sun / Xueyin Zhou / Xiaofei Wu / Qing Li / Long Li / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 191.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 151.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 712.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 719 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Mitochondrial import inner membrane translocase subunit ... , 6種, 9分子 ABDEGIFHJ
#1: タンパク質 | 分子量: 21751.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12328 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 54252.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47045 | ||||
#4: タンパク質 | 分子量: 21994.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08749 | ||||
#5: タンパク質 | 分子量: 10216.649 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O74700 #6: タンパク質 | | 分子量: 12299.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32830 #7: タンパク質 | 分子量: 10313.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87108 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 22094.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33421 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TIM22 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 57 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3663107 | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251984 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 93.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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