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万見
- PDB-6lo8: Cryo-EM structure of the TIM22 complex from yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lo8
タイトルCryo-EM structure of the TIM22 complex from yeast
要素
  • (Mitochondrial import inner membrane translocase subunit ...) x 6
  • Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial
キーワードPROTEIN TRANSPORT / mitochondrial import / Tim22 / protein translocation / membrane protein insertion
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycerophospholipid biosynthesis / mitochondrial intermembrane space chaperone complex / Sphingolipid de novo biosynthesis / Citric acid cycle (TCA cycle) / Mitochondrial protein import / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / mitochondrion targeting sequence binding / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein transporter activity ...Glycerophospholipid biosynthesis / mitochondrial intermembrane space chaperone complex / Sphingolipid de novo biosynthesis / Citric acid cycle (TCA cycle) / Mitochondrial protein import / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / mitochondrion targeting sequence binding / respiratory chain complex II (succinate dehydrogenase) / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein transporter activity / protein insertion into mitochondrial inner membrane / protein transmembrane transport / response to arsenic-containing substance / cellular respiration / response to osmotic stress / transmembrane protein transporter activity / quinone binding / tricarboxylic acid cycle / phospholipid binding / mitochondrial intermembrane space / : / protein transport / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / apoptotic process / structural molecule activity / mitochondrion / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim54 / Inner membrane protein import complex subunit Tim54 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains / : / : / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, CybS ...Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim54 / Inner membrane protein import complex subunit Tim54 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit tim13 like domains / : / : / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, CybS / CybS, succinate dehydrogenase cytochrome B small subunit / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 1. / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 2. / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12 / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhou, X. / Wu, X. / Li, L.
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Structure of the mitochondrial TIM22 complex from yeast.
著者: Yutong Zhang / Xiaomin Ou / Xuezheng Wang / Dongjie Sun / Xueyin Zhou / Xiaofei Wu / Qing Li / Long Li /
履歴
登録2020年1月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0935
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22
B: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54
C: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial
D: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18
E: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
F: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12
G: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
H: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
I: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
J: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,67110
ポリマ－183,67110
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area27790 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area54930 Å2

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要素

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Mitochondrial import inner membrane translocase subunit ... , 6種, 9分子 ABDEGIFHJ

#1: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22


分子量: 21751.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12328
#2: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54


分子量: 54252.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47045
#4: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18


分子量: 21994.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08749
#5: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9


分子量: 10216.649 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O74700
#6: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12 / Mitochondrial regulator of splicing 5


分子量: 12299.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32830
#7: タンパク質 Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10 / Mitochondrial intermembrane protein MRS11


分子量: 10313.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87108

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial


分子量: 22094.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33421

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TIM22 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5465
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 57 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 3663107
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251984 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 93.66 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00498117
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.857910903
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04931185
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00751392
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.64593029

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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