+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lhp | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The cryo-EM structure of coxsackievirus A16 mature virion in complex with Fab 14B10 | ||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | He, M.Z. / Xu, L.F. / Zheng, Q.B. / Zhu, R. / Yin, Z.C. / Cheng, T. / Li, S.W. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 9件
| ||||||||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020 タイトル: Identification of Antibodies with Non-overlapping Neutralization Sites that Target Coxsackievirus A16. 著者: Maozhou He / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Zhenghui Zha / Yu Lin / Lisheng Yang / Yang Huang / Xiangzhong Ye / Shuxuan Li / Wangheng Hou / Yangtao Wu / Jinle Han / ...著者: Maozhou He / Longfa Xu / Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Zhenghui Zha / Yu Lin / Lisheng Yang / Yang Huang / Xiangzhong Ye / Shuxuan Li / Wangheng Hou / Yangtao Wu / Jinle Han / Dongxiao Liu / Zekai Li / Zhenqin Chen / Hai Yu / Yuqiong Que / Yingbin Wang / Xiaodong Yan / Jun Zhang / Ying Gu / Z Hong Zhou / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Hand, foot, and mouth disease is a common childhood illness primarily caused by coxsackievirus A16 (CVA16), for which there are no current vaccines or treatments. We identify three CVA16-specific ...Hand, foot, and mouth disease is a common childhood illness primarily caused by coxsackievirus A16 (CVA16), for which there are no current vaccines or treatments. We identify three CVA16-specific neutralizing monoclonal antibodies (nAbs) with therapeutic potential: 18A7, 14B10, and NA9D7. We present atomic structures of these nAbs bound to all three viral particle forms-the mature virion, A-particle, and empty particle-and show that each Fab can simultaneously occupy the mature virion. Additionally, 14B10 or NA9D7 provide 100% protection against lethal CVA16 infection in a neonatal mouse model. 18A7 binds to a non-conserved epitope present in all three particles, whereas 14B10 and NA9D7 recognize broad protective epitopes but only bind the mature virion. NA9D7 targets an immunodominant site, which may overlap the receptor-binding site. These findings indicate that CVA16 vaccines should be based on mature virions and that these antibodies could be used to discriminate optimal virion-based immunogens. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lhp.cif.gz | 188.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6lhp.ent.gz | 154.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lhp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lhp_validation.pdf.gz | 964.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6lhp_full_validation.pdf.gz | 968.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6lhp_validation.xml.gz | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lhp_validation.cif.gz | 53.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/6lhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/6lhp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0894MC 0887C 0888C 0889C 0890C 0891C 0892C 0895C 0897C 0898C 6lhaC 6lhbC 6lhcC 6lhkC 6lhlC 6lhoC 6lhqC 6lhtC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
2 |
|
3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD
#3: タンパク質 | 分子量: 33106.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: A0A2S1BJ89, UniProt: Q9QF31*PLUS |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 27557.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: A0A1D3TZV2, UniProt: Q9QF31*PLUS, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 26654.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: A0A2R4NBT3, UniProt: Q9QF31*PLUS, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#6: タンパク質 | 分子量: 7551.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス) 参照: UniProt: A5HX42, UniProt: Q9QF31*PLUS |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 11671.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
---|---|
#2: 抗体 | 分子量: 12771.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#7: 化合物 | ChemComp-SPH / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
---|---|
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10580 / 対称性のタイプ: POINT |