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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6knf | ||||||
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タイトル | CryoEM map and model of Nitrite Reductase at pH 6.2 | ||||||
要素 | Copper-containing nitrite reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cu containing nitrite reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Achromobacter cycloclastes (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | ||||||
データ登録者 | Adachi, N. / Yamaguchi, T. / Moriya, T. / Kawasaki, M. / Koiwai, K. / Shinoda, A. / Yamada, Y. / Yumoto, F. / Kohzuma, T. / Senda, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021 タイトル: 2.85 and 2.99 Å resolution structures of 110 kDa nitrite reductase determined by 200 kV cryogenic electron microscopy. 著者: Naruhiko Adachi / Takahide Yamaguchi / Toshio Moriya / Masato Kawasaki / Kotaro Koiwai / Akira Shinoda / Yusuke Yamada / Fumiaki Yumoto / Takamitsu Kohzuma / Toshiya Senda / 要旨: Cu-containing nitrite reductases (NiRs) are 110 kDa enzymes that play central roles in denitrification. Although the NiRs have been well studied, with over 100 Protein Data Bank entries, such issues ...Cu-containing nitrite reductases (NiRs) are 110 kDa enzymes that play central roles in denitrification. Although the NiRs have been well studied, with over 100 Protein Data Bank entries, such issues as crystal packing, photoreduction, and lack of high pH cases have impeded structural analysis of their catalytic mechanisms. Here we show the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of Achromobacter cycloclastes NiR (AcNiR) at pH 6.2 and 8.1. The optimization of 3D-reconstruction parameters achieved 2.99 and 2.85 Å resolution. Comprehensive comparisons with cryo-EM and 56 AcNiR crystal structures suggested crystallographic artifacts in residues 185-215 and His255' due to packing and photoreduction, respectively. We used a newly developed map comparison method to detect structural change around the type 2 Cu site. While the theoretical estimation of coordinate errors of cryo-EM structures remains difficult, combined analysis using X-ray and cryo-EM structures will allow deeper insight into the local structural changes of proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6knf.cif.gz | 177.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6knf.ent.gz | 141 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6knf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6knf_validation.pdf.gz | 895 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6knf_full_validation.pdf.gz | 906 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6knf_validation.xml.gz | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6knf_validation.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/6knf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/6knf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0730MC 0731C 6kngC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10580 (タイトル: CryoEM map and model of Nitrite Reductase at pH 6.2 Data size: 1.2 TB Data #1: CryoEM map and model of Nitrite Reductase at pH 6.2 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36621.332 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Achromobacter cycloclastes (バクテリア) 参照: UniProt: P25006, nitrite reductase (NO-forming) #2: 化合物 | ChemComp-CU / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nitrite reductase / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.11 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Achromobacter cycloclastes (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 6.2 |
緩衝液成分 | 濃度: 100 mM / 名称: potassium phosphate |
試料 | 濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono-disperse. |
試料支持 | 詳細: The grid was washed by acetone prior to use. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: Blotting time was 15 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 794 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121353 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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