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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kj6 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of Escherichia coli Crl transcription activation complex | |||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase / Escherichia coli / Crl / transcription activation / transcription initiation / transcription regulator / sigma S | |||||||||
機能・相同性 | ![]() bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility ...bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Xu, J. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crl activates transcription by stabilizing active conformation of the master stress transcription initiation factor. 著者: Juncao Xu / Kaijie Cui / Liqiang Shen / Jing Shi / Lingting Li / Linlin You / Chengli Fang / Guoping Zhao / Yu Feng / Bei Yang / Yu Zhang / ![]() 要旨: σ is a master transcription initiation factor that protects bacterial cells from various harmful environmental stresses including antibiotic pressure. Although its mechanism remains unclear, it is ...σ is a master transcription initiation factor that protects bacterial cells from various harmful environmental stresses including antibiotic pressure. Although its mechanism remains unclear, it is known that full activation of σ-mediated transcription requires a σ-specific activator, Crl. In this study, we determined a 3.80 Å cryo-EM structure of an transcription activation complex ( Crl-TAC) comprising σ-RNA polymerase (σ-RNAP) holoenzyme, Crl, and a nucleic-acid scaffold. The structure reveals that Crl interacts with domain 2 of σ (σ) and the RNAP core enzyme, but does not contact promoter DNA. Results from subsequent hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) indicate that Crl stabilizes key structural motifs within σ to promote the assembly of the σ-RNAP holoenzyme and also to facilitate formation of an RNA polymerase-promoter DNA open complex (RPo). Our study demonstrates a unique DNA contact-independent mechanism of transcription activation, thereby defining a previously unrecognized mode of transcription activation in cells. | |||||||||
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 831 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 610 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 96.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 154.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 156537.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 2分子 FJ
#5: タンパク質 | 分子量: 38352.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: rpoS, appR, katF, nur, otsX, sigS, b2741, JW5437 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#9: タンパク質 | 分子量: 16009.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 8739 / DSM 1576 / Crooks / 遺伝子: crl, EcolC_3341 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 GH
#6: DNA鎖 | 分子量: 15797.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 15797.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 I
#8: RNA鎖 | 分子量: 1545.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli Crl transcription activation complex(Crl-TAC) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.44 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 4C | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: blot for 8 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 1.675 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3290 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 315977 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184208 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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