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- PDB-6khi: Supercomplex for cylic electron transport in cyanobacteria -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6khi
タイトルSupercomplex for cylic electron transport in cyanobacteria
要素
  • (NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ...) x 12
  • (proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit ...) x 2
  • Ferredoxin-1
  • NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1
  • NADH dehydrogenase subunit 5
  • NADH-quinone oxidoreductase subunit J
  • Tlr0472 protein
  • Tlr0636 protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cylic electron transport / photosynthetic NDH complex / Cyanobacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


: / NADH dehydrogenase complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / photosynthesis, light reaction / plasma membrane-derived thylakoid membrane / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I ...: / NADH dehydrogenase complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / ubiquinone binding / photosynthesis, light reaction / plasma membrane-derived thylakoid membrane / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / electron transport coupled proton transport / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / aerobic respiration / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2996 / Protein of unknown function (DUF2996) / Helix Hairpins - #3510 / NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M ...Protein of unknown function DUF2996 / Protein of unknown function (DUF2996) / Helix Hairpins - #3510 / NADH dehydrogenase-like complex, subunit S / NAD(P)H dehydrogenase subunit S / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chloroplast chain 5, C-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NADH-dehyrogenase subunit F, TMs, (complex I) C-terminus / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / NADH-quinone oxidoreductase chain 4 / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2, N-terminal / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 N-terminal / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3, bacterial/plastid / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N/subunit 2 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / SH3 type barrels. - #140 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6, subunit NuoJ / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 6 / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 6 / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5 subgroup / NADH-quinone oxidoreductase, chain M/4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/K / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminal / NADH-Ubiquinone oxidoreductase (complex I), chain 5 N-terminus / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L/Mnh complex subunit C1-like / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase chain 4L / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Beta-grasp domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / SH3 type barrels. / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Ferredoxin-1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 ...BETA-CAROTENE / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Ferredoxin-1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / NADH dehydrogenase subunit 5 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NADH-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / Tlr0636 protein / Tlr0472 protein / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P NdhP / Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q NdhQ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pan, X. / Cao, D. / Xie, F. / Zhang, X. / Li, M.
資金援助 中国, 9件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0503702 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0504700 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0502900 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08030204 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC005 中国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
National Natural Science Foundation of China31600609 中国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for electron transport mechanism of complex I-like photosynthetic NAD(P)H dehydrogenase.
著者: Xiaowei Pan / Duanfang Cao / Fen Xie / Fang Xu / Xiaodong Su / Hualing Mi / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: NAD(P)H dehydrogenase-like (NDH) complex NDH-1L of cyanobacteria plays a crucial role in cyclic electron flow (CEF) around photosystem I and respiration processes. NDH-1L couples the electron ...NAD(P)H dehydrogenase-like (NDH) complex NDH-1L of cyanobacteria plays a crucial role in cyclic electron flow (CEF) around photosystem I and respiration processes. NDH-1L couples the electron transport from ferredoxin (Fd) to plastoquinone (PQ) and proton pumping from cytoplasm to the lumen that drives the ATP production. NDH-1L-dependent CEF increases the ATP/NADPH ratio, and is therefore pivotal for oxygenic phototrophs to function under stress. Here we report two structures of NDH-1L from Thermosynechococcus elongatus BP-1, in complex with one Fd and an endogenous PQ, respectively. Our structures represent the complete model of cyanobacterial NDH-1L, revealing the binding manner of NDH-1L with Fd and PQ, as well as the structural elements crucial for proper functioning of the NDH-1L complex. Together, our data provides deep insights into the electron transport from Fd to PQ, and its coupling with proton translocation in NDH-1L.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of photosystem from green alga.
著者: Su, X. / Ma, J. / Pan, X. / Zhao, X. / Chang, W. / Liu, Z. / Zhang, X. / Li, M.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9989
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1
B: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2
C: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3
D: NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1
E: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L
F: NADH dehydrogenase subunit 5
G: NADH-quinone oxidoreductase subunit J
H: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H
I: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I
J: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J
K: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K
L: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L
M: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M
N: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N
O: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O
P: proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P
Q: proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q
S: Tlr0636 protein
V: Tlr0472 protein
1: Ferredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)493,45239
ポリマ－480,95220
非ポリマー12,50119
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ... , 12種, 12分子 ABCEHIJKLMNO

#1: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 1 / NAD(P)H dehydrogenase I subunit 1 / NDH-1 subunit 1 / NDH-A


分子量: 40565.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DL32, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#2: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2 / NAD(P)H dehydrogenase subunit 2 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 2 / NDH-1 / subunit 2


分子量: 55168.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DMR6, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#3: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 3 / NAD(P)H dehydrogenase subunit 3 / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 3 / NDH-1 subunit 3 / NDH-C


分子量: 15013.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DJ02, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#5: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 4L / NAD(P)H dehydrogenase subunit 4L / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit 4L / NDH-1 / subunit 4L / NDH-E


分子量: 11140.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DL29, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#8: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H / NAD(P)H dehydrogenase subunit H / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit H / NDH-1 subunit H / NDH-H


分子量: 45271.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DJD9, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#9: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I / NAD(P)H dehydrogenase I subunit I / NDH-1 subunit I / NDH-I


分子量: 22444.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DL31, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#10: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J / NAD(P)H dehydrogenase subunit J / NADH-plastoquinone oxidoreductase subunit J / NDH-1 subunit J / NDH-J


分子量: 19363.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DJ01, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#11: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K / NAD(P)H dehydrogenase I subunit K / NDH-1 subunit K / NDH-K


分子量: 25766.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DKZ4, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#12: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H dehydrogenase I subunit L / NDH-1 subunit L / NDH-L


分子量: 8575.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DKZ3, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#13: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H dehydrogenase I subunit M / NDH-M


分子量: 12584.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DLN5, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#14: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N / NAD(P)H dehydrogenase I subunit N / NDH-N


分子量: 16656.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DJU2, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#15: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / NAD(P)H dehydrogenase I subunit O / NDH-1 subunit O / NDH-O


分子量: 7877.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DMU4, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う

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タンパク質 , 6種, 6分子 DFGSV1

#4: タンパク質 NAD(P)H-quinone oxidoreductase chain 4 1 / NAD(P)H dehydrogenase I / chain 4 1 / NDH-1


分子量: 57847.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1) (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DKY0, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 72025.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DKX9
#7: タンパク質 NADH-quinone oxidoreductase subunit J


分子量: 21580.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
参照: UniProt: Q8DL30, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
#18: タンパク質 Tlr0636 protein


分子量: 12462.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DL61
#19: タンパク質 Tlr0472 protein


分子量: 16016.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DLL4
#20: タンパク質 Ferredoxin-1 / Ferredoxin I


分子量: 10853.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 遺伝子: petF1, petF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A3C9

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Proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit ... , 2種, 2分子 PQ

#16: タンパク質・ペプチド proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit P


分子量: 4878.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: V5V507*PLUS
#17: タンパク質・ペプチド proton-translocating NADH-quinone dehydrogenase subunit Q


分子量: 4858.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: V5V791*PLUS

-
糖 , 1種, 2分子

#21: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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非ポリマー , 6種, 17分子

#22: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#24: 化合物 ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#25: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#26: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Electron transport complex NDH-Fd from cyanobacteria
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152003 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00633468
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.94445485
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.70519525
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0565225
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0085603

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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