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- PDB-6jo6: Structure of the green algal photosystem I supercomplex with ligh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jo6
タイトルStructure of the green algal photosystem I supercomplex with light-harvesting complex I
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 7
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant ...Chlorophyll a-b binding protein / Chlorophyll a/b binding protein domain / Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Suga, M. / Miyazaki, N. / Takahashi, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06554 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06162 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16H06296 日本
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structure of the green algal photosystem I supercomplex with a decameric light-harvesting complex I.
著者: Michihiro Suga / Shin-Ichiro Ozawa / Kaori Yoshida-Motomura / Fusamichi Akita / Naoyuki Miyazaki / Yuichiro Takahashi /
要旨: In plants and green algae, the core of photosystem I (PSI) is surrounded by a peripheral antenna system consisting of light-harvesting complex I (LHCI). Here we report the cryo-electron ...In plants and green algae, the core of photosystem I (PSI) is surrounded by a peripheral antenna system consisting of light-harvesting complex I (LHCI). Here we report the cryo-electron microscopic structure of the PSI-LHCI supercomplex from the green alga Chlamydomonas reinhardtii. The structure reveals that eight Lhca proteins form two tetrameric LHCI belts attached to the PsaF side while the other two Lhca proteins form an additional Lhca2/Lhca9 heterodimer attached to the opposite side. The spatial arrangement of light-harvesting pigments reveals that Chlorophylls b are more abundant in the outer LHCI belt than in the inner LHCI belt and are absent from the core, thereby providing the downhill energy transfer pathways to the PSI core. PSI-LHCI is complexed with a plastocyanin on the patch of lysine residues of PsaF at the luminal side. The assembly provides a structural basis for understanding the mechanism of light-harvesting, excitation energy transfer of the PSI-LHCI supercomplex and electron transfer with plastocyanin.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9854
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
F: Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
L: Photosystem I reaction center subunit XI
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Z: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)696,899304
ポリマ－463,86619
非ポリマー233,033285
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 83239.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: psaA, ps1a1
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12154, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 84947.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: psaB, ps1a2
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09144, photosystem I

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Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFGIJKL

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Photosystem I peripheral protein D / Photosystem I 20 kDa subunit / PSI-D


分子量: 17732.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: psaD
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q39615
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I peripheral protein E / PSI-E / P30 protein / Photosystem I 8.1 kDa protein


分子量: 8135.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: PSAE
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12352
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit F, Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Light-harvesting complex I 17 kDa protein / P21 protein / PSI-F


分子量: 17957.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: PSAF
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12356
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit G / Light-harvesting complex I 10 kDa protein / P35 protein / PSI-G


分子量: 9828.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: PSAG
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P14224
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit I


分子量: 10586.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: PSAI
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IFG7
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit J / PSI-J


分子量: 4750.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: psaJ
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P59777
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit K / Light-harvesting complex I 8.4 kDa protein / P37 protein ...Photosystem I reaction center subunit K / Light-harvesting complex I 8.4 kDa protein / P37 protein / PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 8431.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: PSAK
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P14225
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center protein L


分子量: 16120.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: PSAL, CHLRE_12g486300v5, CHLREDRAFT_205935
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IL32

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 7種, 8分子 1Z378456

#12: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 1


分子量: 20368.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: cabI-1
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q7DM26, UniProt: Q05093*PLUS
#13: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 3


分子量: 29435.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: LHCA3, CHLREDRAFT_153678
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JF10
#14: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 7


分子量: 23446.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: Lhca, CHLRE_16g687900v5
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q84Y02
#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 8


分子量: 23293.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: LhcI-4, LHCA8, CHLRE_06g272650v5, CHLREDRAFT_187025
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY7
#16: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 4


分子量: 25906.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: LhcI-1, CHLRE_10g452050v5
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VZ0
#17: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 5


分子量: 25264.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: LhcI-3, LHCA5, CHLRE_10g425900v5, CHLREDRAFT_186299
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY8
#18: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 6


分子量: 25183.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: LhcI-5, LHCA6, CHLRE_06g278213v5, CHLREDRAFT_192961
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q75VY6

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#25: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / PsaC


分子量: 8869.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: psaC
発現宿主: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q00914, photosystem I

-
非ポリマー , 9種, 284分子

#19: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#20: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#21: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#22: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#24: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#26: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#27: 化合物
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#28: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL, LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2

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詳細

配列の詳細Authors made a transformant which bears 20 x His insertion in the N-terminal region.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I - Light Harvesting Complex I supercomplex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
由来(組換発現)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9801

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 379749 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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