PDB-6jlu: Structure of PSII-FCP supercomplex from a centric diatom Chaetoce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jlu

タイトル

Structure of PSII-FCP supercomplex from a centric diatom Chaetoceros gracilis at 3.02 angstrom resolution

要素

(Extrinsic protein in photosystem ...) x 3
(Photosystem II reaction center ...) x 2
Cytochrome c-550
FCP-A
FCP-D
FCP-E
FCP-F
Psb31
Psb34
PsbA
PsbB
PsbC
PsbD
PsbE
PsbF
PsbG
PsbI
PsbJ
PsbK
PsbL
PsbM
PsbT
PsbW
PsbY
PsbZ

キーワード

PLANT PROTEIN / PSII-FCP supercomplex

機能・相同性

機能・相同性情報

photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II stabilization / thylakoid / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthesis, light reaction / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetoceros gracilis (珪藻)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å

データ登録者

Pi, X. / Zhao, S. / Wang, W. / Kuang, T. / Sui, S. / Shen, J.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: The pigment-protein network of a diatom photosystem II-light-harvesting antenna supercomplex.
著者: Xiong Pi / Songhao Zhao / Wenda Wang / Desheng Liu / Caizhe Xu / Guangye Han / Tingyun Kuang / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /

要旨: Diatoms play important roles in global primary productivity and biogeochemical cycling of carbon, in part owing to the ability of their photosynthetic apparatus to adapt to rapidly changing light ...

履歴

登録	2019年3月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-9839 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6jlu_validation.pdf.gz	25.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
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CIF形式データ	6jlu_validation.cif.gz	637 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/6jlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/6jlu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9839MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j40-d 9777 7329 4uxg-d 5oo6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (21) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (25) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (6) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (3) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (3) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (21)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (25)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (6)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (3)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (3)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (3)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PsbA

B: PsbB

C: PsbC

D: PsbD

E: PsbE

F: PsbF

G: Psb31

H: Photosystem II reaction center protein H

I: PsbI

J: PsbJ

K: PsbK

L: PsbL

M: PsbM

N: Psb34

O: Extrinsic protein in photosystem II

P: FCP-D

Q: Extrinsic protein in photosystem II

R: PsbG

T: PsbT

U: Extrinsic protein in photosystem II

V: Cytochrome c-550

W: PsbW

X: Photosystem II reaction center X protein

Y: PsbY

Z: PsbZ

a: PsbA

b: PsbB

c: PsbC

d: PsbD

e: PsbE

f: PsbF

g: Psb31

h: Photosystem II reaction center protein H

i: PsbI

j: PsbJ

k: PsbK

l: PsbL

m: PsbM

n: Psb34

o: Extrinsic protein in photosystem II

p: FCP-D

q: Extrinsic protein in photosystem II

r: PsbG

t: PsbT

u: Extrinsic protein in photosystem II

v: Cytochrome c-550

w: PsbW

x: Photosystem II reaction center X protein

y: PsbY

z: PsbZ

0: FCP-E

1: FCP-A

2: FCP-A

3: FCP-A

4: FCP-A

5: FCP-A

6: FCP-A

7: FCP-A

8: FCP-A

9: FCP-F

10: FCP-E

11: FCP-A

12: FCP-A

13: FCP-A

14: FCP-A

15: FCP-A

16: FCP-A

17: FCP-A

18: FCP-A

19: FCP-F

ヘテロ分子

1.53 MDa, 70 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, PSII-FCP supercomplex

-
タンパク質 , 14種, 42分子 AaBbCcDdEeGgPpRrVvWwZz010123456...

#1: タンパク質	PsbA 分子量: 39575.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#2: タンパク質	PsbB 分子量: 56475.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#3: タンパク質	PsbC 分子量: 49357.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#4: タンパク質	PsbD 分子量: 37983.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#5: タンパク質	PsbE 分子量: 9062.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#7: タンパク質	Psb31 分子量: 18733.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#16: タンパク質	FCP-D 分子量: 24667.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#18: タンパク質	PsbG 分子量: 6230.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#21: タンパク質	Cytochrome c-550 / Cytochrome c550 分子量: 14920.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF4
#22: タンパク質	PsbW 分子量: 5720.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#25: タンパク質	PsbZ 分子量: 6417.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#26: タンパク質	FCP-E 分子量: 18781.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#27: タンパク質	FCP-A 分子量: 18988.840 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#28: タンパク質	FCP-F 分子量: 18214.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
タンパク質・ペプチド , 9種, 18分子 FfIiJjKkLlMmNnTtYy

#6: タンパク質・ペプチド	PsbF 分子量: 3652.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#9: タンパク質・ペプチド	PsbI 分子量: 3940.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#10: タンパク質・ペプチド	PsbJ 分子量: 3487.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#11: タンパク質・ペプチド	PsbK 分子量: 4225.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#12: タンパク質・ペプチド	PsbL 分子量: 4367.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#13: タンパク質・ペプチド	PsbM 分子量: 4358.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#14: タンパク質・ペプチド	Psb34 分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#19: タンパク質・ペプチド	PsbT 分子量: 3711.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#24: タンパク質・ペプチド	PsbY 分子量: 3634.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
Photosystem II reaction center ... , 2種, 4分子 HhXx

#8: タンパク質	Photosystem II reaction center protein H / PSII-H 分子量: 7188.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B7XBY7
#23: タンパク質・ペプチド	Photosystem II reaction center X protein 分子量: 3502.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF2

-
Extrinsic protein in photosystem ... , 3種, 6分子 OoQqUu

#15: タンパク質	Extrinsic protein in photosystem II 分子量: 26820.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE8
#17: タンパク質	Extrinsic protein in photosystem II 分子量: 22585.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE9
#20: タンパク質	Extrinsic protein in photosystem II 分子量: 10167.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF0

-
糖 , 1種, 14分子

#39: 糖	ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₉₆O₁₅

-
非ポリマー , 17種, 523分子

#29: 化合物	ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER 分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn₄O₅
#30: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#31: 化合物	... ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A 分子量: 893.489 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#32: 化合物	ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 13²α-(メトキシカルボニル)-3¹,3²-ジデヒ(以下略) 分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄N₄O₅
#33: 化合物	ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆
#34: 化合物	ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル分子量: 795.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₈O₁₂S
#35: 化合物	ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9 分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₃H₈₀O₂
#36: 化合物	... ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル分子量: 722.970 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#37: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#38: 化合物	... ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE 分子量: 787.158 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₆O₁₀
#40: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#41: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#42: 化合物	... ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1 分子量: 610.941 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₃₀MgN₄O₅
#43: 化合物	... ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-yl acetate / Fucoxanthin 分子量: 658.906 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₈O₆
#44: 化合物	ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin 分子量: 582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₄O₃
#45: 化合物	... ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2 分子量: 608.926 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₅H₂₈MgN₄O₅
#46: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	Complete sequence of entities Psb34, PsbR, PsbW and FCP-E are unknown.

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: PSII-FCP supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
緩衝液	pH: 6.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
12	RELION	3	分類
13	RELION	3	３次元再構成

CTF補正

タイプ: NONE

対称性

点対称性: C₂ (2回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42033 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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Photosystem II reaction center ... , 2種, 4分子 HhXx

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Extrinsic protein in photosystem ... , 3種, 6分子 OoQqUu

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)