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- PDB-6j6n: Cryo-EM structure of the yeast B*-b1 complex at an average resolu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j6n
タイトルCryo-EM structure of the yeast B*-b1 complex at an average resolution of 3.86 angstrom
要素
  • (Pre-mRNA-processing factor ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 15
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U2 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • Pre-mRNA-processing protein 45
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • UBC4 pre-mRNA
キーワードSPLICING / spliceosme / B* complex / branching / snRNP / U snRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP ...post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / Prp19 complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / poly(U) RNA binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA replication origin binding / mRNA 5'-splice site recognition / protein K63-linked ubiquitination / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / Dual incision in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / DNA replication initiation / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / positive regulation of cell cycle / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / positive regulation of RNA splicing / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell cycle / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / Slt11, RNA recognition motif / cwf21 / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor ...Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / Slt11, RNA recognition motif / cwf21 / Torus domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2, RNA recognition motif / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / Helix hairpin bin domain superfamily / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / : / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / STL11, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / WD repeat Prp46/PLRG1-like / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / U-box domain profile. / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Modified RING finger domain / U-box domain / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Snu114, GTP-binding domain / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / SH3 type barrels. - #100 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / : / Sm domain profile. / Myb-like DNA-binding domain / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-processing factor 19 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA-processing protein 45 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Pre-mRNA-processing factor 17 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Pre-mRNA-splicing factor SYF2 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC21 / Pre-mRNA-splicing factor CEF1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Pre-mRNA-splicing factor CWC2 / Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Pre-mRNA-splicing factor PRP46
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å
データ登録者Wan, R. / Bai, R. / Yan, C. / Lei, J. / Shi, Y.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31430020 中国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structures of the Catalytically Activated Yeast Spliceosome Reveal the Mechanism of Branching.
著者: Ruixue Wan / Rui Bai / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome. Structural characterization of the catalytically activated complex (B) is pivotal for understanding the branching reaction. In this study, we ...Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome. Structural characterization of the catalytically activated complex (B) is pivotal for understanding the branching reaction. In this study, we assembled the B complexes on two different pre-mRNAs from Saccharomyces cerevisiae and determined the cryo-EM structures of four distinct B complexes at overall resolutions of 2.9-3.8 Å. The duplex between U2 small nuclear RNA (snRNA) and the branch point sequence (BPS) is discretely away from the 5'-splice site (5'SS) in the three B complexes that are devoid of the step I splicing factors Yju2 and Cwc25. Recruitment of Yju2 into the active site brings the U2/BPS duplex into the vicinity of 5'SS, with the BPS nucleophile positioned 4 Å away from the catalytic metal M2. This analysis reveals the functional mechanism of Yju2 and Cwc25 in branching. These structures on different pre-mRNAs reveal substrate-specific conformations of the spliceosome in a major functional state.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 2.02020年10月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0691
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
C: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
J: Pre-mRNA-splicing factor CWC21
O: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
P: Pre-mRNA-processing protein 45
Q: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
R: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
S: Pre-mRNA-splicing factor CWC15
T: Pre-mRNA-splicing factor BUD31
Z: Pre-mRNA-splicing factor CWC22
c: Pre-mRNA-splicing factor CEF1
d: Pre-mRNA-splicing factor CLF1
I: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
n: Pre-mRNA-processing factor 17
H: Pre-mRNA-splicing factor ISY1
B: UBC4 pre-mRNA
D: U5 snRNA
E: U6 snRNA
L: U2 snRNA
v: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
a: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
b: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
t: Pre-mRNA-splicing factor SNT309
u: Small nuclear ribonucleoprotein E
m: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
j: Small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein F
g: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
k: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
e: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
s: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
l: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
i: Small nuclear ribonucleoprotein E
w: Small nuclear ribonucleoprotein F
x: Small nuclear ribonucleoprotein G
y: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
z: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
r: Pre-mRNA-processing factor 19
p: Pre-mRNA-processing factor 19
q: Pre-mRNA-processing factor 19
o: Pre-mRNA-processing factor 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,075,79255
ポリマ－2,074,07141
非ポリマー1,72114
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 15種, 15分子 ACJOQRSTZcdIHvt

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P33334
#2: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P36048
#3: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC21


分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q03375
#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor PRP46


分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12417
#6: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SLT11 / Extracellular mutant protein 2


分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P38241
#7: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC2


分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12046
#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC15 / Complexed with CEF1 protein 15


分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q03772
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Bud site selection protein 31


分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P25337
#10: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CWC22 / Complexed with CEF1 protein 22


分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P53333
#11: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CEF1


分子量: 67837.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q03654
#12: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor CLF1 / Crooked neck-like factor 1 / PRP19-associated complex protein 77 / Synthetic lethal with CDC40 protein 3


分子量: 82555.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12309
#13: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF2


分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P53277
#15: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ISY1 / Interactor of SYF1


分子量: 28073.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P21374
#20: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / PRP19-associated complex protein 90 / Synthetic lethal with CDC40 protein 1


分子量: 100344.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q04048
#23: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNT309 / Synergistic to PRP19 mutation protein 309


分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q06091

-
タンパク質 , 2種, 3分子 Pks

#5: タンパク質 Pre-mRNA-processing protein 45


分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P28004
#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40018

-
Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 nrpqo

#14: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 17 / Cell division control protein 40


分子量: 52208.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40968
#31: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19


分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P32523, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 BDEL

#16: RNA鎖 UBC4 pre-mRNA


分子量: 78814.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#17: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#18: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
#19: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

-
U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 ab

#21: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 snRNP B''


分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40567
#22: タンパク質 U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A'


分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q08963

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 uimzjxhwgely

#24: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q12330
#25: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q02260
#26: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P40204
#27: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P54999
#28: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: Q06217
#30: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: UniProt: P43321

-
非ポリマー , 4種, 14分子

#32: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#33: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#34: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#35: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: catalytically activated spliceosome B*-b1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
緩衝液pH: 7.9
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影電子線照射量: 49.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4Gctf1.06CTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 395458 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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