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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j6g | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast B*-a2 complex at an average resolution of 3.2 angstrom | ||||||||||||
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![]() | SPLICING / spliceosme / B* complex / branching / snRNP / U snRNA | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP ...post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / Prp19 complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / poly(U) RNA binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA replication origin binding / mRNA 5'-splice site recognition / protein K63-linked ubiquitination / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / Dual incision in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / DNA replication initiation / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / positive regulation of cell cycle / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / positive regulation of RNA splicing / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell cycle / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
![]() | Wan, R. / Bai, R. / Yan, C. / Lei, J. / Shi, Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of the Catalytically Activated Yeast Spliceosome Reveal the Mechanism of Branching. 著者: Ruixue Wan / Rui Bai / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi / ![]() 要旨: Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome. Structural characterization of the catalytically activated complex (B) is pivotal for understanding the branching reaction. In this study, we ...Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome. Structural characterization of the catalytically activated complex (B) is pivotal for understanding the branching reaction. In this study, we assembled the B complexes on two different pre-mRNAs from Saccharomyces cerevisiae and determined the cryo-EM structures of four distinct B complexes at overall resolutions of 2.9-3.8 Å. The duplex between U2 small nuclear RNA (snRNA) and the branch point sequence (BPS) is discretely away from the 5'-splice site (5'SS) in the three B complexes that are devoid of the step I splicing factors Yju2 and Cwc25. Recruitment of Yju2 into the active site brings the U2/BPS duplex into the vicinity of 5'SS, with the BPS nucleophile positioned 4 Å away from the catalytic metal M2. This analysis reveals the functional mechanism of Yju2 and Cwc25 in branching. These structures on different pre-mRNAs reveal substrate-specific conformations of the spliceosome in a major functional state. | ||||||||||||
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 195.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 334 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0686MC ![]() 0684C ![]() 0685C ![]() 0687C ![]() 0691C ![]() 0692C ![]() 6j6hC ![]() 6j6nC ![]() 6j6qC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 15種, 15分子 ACJOQRSTZcdIHvt
#1: タンパク質 | 分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33334 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36048 |
#3: タンパク質 | 分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03375 |
#4: タンパク質 | 分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12417 |
#6: タンパク質 | 分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38241 |
#7: タンパク質 | 分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12046 |
#8: タンパク質 | 分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03772 |
#9: タンパク質 | 分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25337 |
#10: タンパク質 | 分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53333 |
#11: タンパク質 | 分子量: 67837.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03654 |
#12: タンパク質 | 分子量: 82555.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12309 |
#13: タンパク質 | 分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53277 |
#15: タンパク質 | 分子量: 28073.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21374 |
#20: タンパク質 | 分子量: 100344.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04048 |
#23: タンパク質 | 分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06091 |
-タンパク質 , 2種, 3分子 Pks
#5: タンパク質 | 分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28004 |
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#29: タンパク質 | 分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40018 |
-Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 nrpqo
#14: タンパク質 | 分子量: 52208.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40968 |
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#31: タンパク質 | 分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32523, RING-type E3 ubiquitin transferase |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 BDEL
#16: RNA鎖 | 分子量: 217099.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c |
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#17: RNA鎖 | 分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c |
#18: RNA鎖 | 分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 1039023367 |
#19: RNA鎖 | 分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c |
-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 ab
#21: タンパク質 | 分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40567 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08963 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 uimzjxhwgely
#24: タンパク質 | 分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12330 #25: タンパク質 | 分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02260 #26: タンパク質 | 分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40204 #27: タンパク質 | 分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P54999 #28: タンパク質 | 分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06217 #30: タンパク質 | 分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43321 |
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-非ポリマー , 4種, 14分子 ![](data/chem/img/IHP.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#32: 化合物 | ChemComp-IHP / | ||
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#33: 化合物 | ChemComp-GTP / | ||
#34: 化合物 | ChemComp-MG / #35: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: catalytically activated spliceosome B*-a2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#31 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 49.3 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 555036 / 対称性のタイプ: POINT |