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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hv9 | ||||||||||||
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タイトル | S. cerevisiae CMG-Pol epsilon-DNA | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Helicase / Polymerase / DNA Replication / AAA+ protein | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / epsilon DNA polymerase complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / MCM complex binding ...DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / epsilon DNA polymerase complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / mitotic DNA replication / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication initiation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' DNA helicase activity / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / leading strand elongation / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / DNA helicase activity / replication fork / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / base-excision repair / heterochromatin formation / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA helicase / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.98 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Abid Ali, F. / Purkiss, A.G. / Cheung, A. / Costa, A. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of DNA-CMG-Pol epsilon elucidates the roles of the non-catalytic polymerase modules in the eukaryotic replisome. 著者: Panchali Goswami / Ferdos Abid Ali / Max E Douglas / Julia Locke / Andrew Purkiss / Agnieszka Janska / Patrik Eickhoff / Anne Early / Andrea Nans / Alan M C Cheung / John F X Diffley / Alessandro Costa / 要旨: Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, ...Eukaryotic origin firing depends on assembly of the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase. A key step is the recruitment of GINS that requires the leading-strand polymerase Pol epsilon, composed of Pol2, Dpb2, Dpb3, Dpb4. While a truncation of the catalytic N-terminal Pol2 supports cell division, Dpb2 and C-terminal Pol2 (C-Pol2) are essential for viability. Dpb2 and C-Pol2 are non-catalytic modules, shown or predicted to be related to an exonuclease and DNA polymerase, respectively. Here, we present the cryo-EM structure of the isolated C-Pol2/Dpb2 heterodimer, revealing that C-Pol2 contains a DNA polymerase fold. We also present the structure of CMG/C-Pol2/Dpb2 on a DNA fork, and find that polymerase binding changes both the helicase structure and fork-junction engagement. Inter-subunit contacts that keep the helicase-polymerase complex together explain several cellular phenotypes. At least some of these contacts are preserved during Pol epsilon-dependent CMG assembly on path to origin firing, as observed with DNA replication reconstituted in vitro. | ||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 6hv9.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hv9.ent.gz | 879.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hv9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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-検証レポート
文書・要旨 | 6hv9_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6hv9_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6hv9_validation.xml.gz | 156.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6hv9_validation.cif.gz | 242.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/6hv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/6hv9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA replication licensing factor ... , 6種, 6分子 345627
#1: タンパク質 | 分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase |
#3: タンパク質 | 分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4112, PACBIOSEQ_LOCUS4129, PACBIOSEQ_LOCUS4153, PACBIOSEQ_LOCUS4202, SCNYR20_0004029000, SCP684_0004028600 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: A0A6A5PUY8, UniProt: P29496*PLUS, DNA helicase |
#4: タンパク質 | 分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase |
#5: タンパク質 | 分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS187, PACBIOSEQ_LOCUS193, PACBIOSEQ_LOCUS195, PACBIOSEQ_LOCUS196, SCNYR20_0007007400, SCP684_0007007100 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: A0A6A5Q1S9, UniProt: P29469*PLUS, DNA helicase |
#6: タンパク質 | 分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase |
-DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 CDEF
#7: タンパク質 | 分子量: 24230.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS944, PACBIOSEQ_LOCUS956, PACBIOSEQ_LOCUS958, SCNYR20_0001022500, SCP684_0001022000 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q203, UniProt: Q12488*PLUS |
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#8: タンパク質 | 分子量: 25096.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3163, PACBIOSEQ_LOCUS3191, PACBIOSEQ_LOCUS3224, PACBIOSEQ_LOCUS3231, PACBIOSEQ_LOCUS3255, SCNYR20_0009012300, SCP684_0009011800 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PX40, UniProt: P40359*PLUS |
#9: タンパク質 | 分子量: 21977.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: PSF3, GI527_G0005213 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BWH3, UniProt: Q12146*PLUS |
#10: タンパク質 | 分子量: 33983.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SLD5, YDR489W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03406 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 G
#11: タンパク質 | 分子量: 74324.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CDC45, SLD4, YLR103C, L8004.11 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08032 |
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-DNA鎖 , 3種, 3分子 XYJ
#12: DNA鎖 | 分子量: 6415.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
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#13: DNA鎖 | 分子量: 6473.187 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
#14: DNA鎖 | 分子量: 2084.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-DNA polymerase epsilon ... , 2種, 2分子 BA
#15: タンパク質 | 分子量: 78408.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24482 |
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#16: タンパク質 | 分子量: 104984.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: POL2, GI527_G0004851 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: A0A8H4BWE7, UniProt: P21951*PLUS, DNA-directed DNA polymerase |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#17: 化合物 | #18: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 4.2 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78556 / 対称性のタイプ: POINT |