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- PDB-6dzp: Cryo-EM Structure of Mycobacterium smegmatis C(minus) 50S ribosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dzp
タイトルCryo-EM Structure of Mycobacterium smegmatis C(minus) 50S ribosomal subunit
要素
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Uncharacterized protein
キーワードRIBOSOME / Hibernation factor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 ...Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 / Helix Hairpins - #3980 / Ribosomal protein L17 / 50s Ribosomal Protein L17; Chain: A, / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L30/L7 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #100 / Ribosomal protein L16/L10 / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal Protein L14 / Ribosomal protein L14/L23 / Ribosomal Protein L22; Chain A / Ribosomal Protein L30; Chain: A, / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Rubrerythrin, domain 2 / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / : / RRM (RNA recognition motif) domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Single Sheet / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / : / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL18
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Sharma, M.R. / Li, Y. / Korripella, R. / Yang, Y. / Kaushal, P.S. / Lin, Q. / Wade, J.T. / Gray, A.G. / Derbyshire, K.M. / Agrawal, R.K. / Ojha, A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM061576 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI107595 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)AI097191 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Zinc depletion induces ribosome hibernation in mycobacteria.
著者: Yunlong Li / Manjuli R Sharma / Ravi K Koripella / Yong Yang / Prem S Kaushal / Qishan Lin / Joseph T Wade / Todd A Gray / Keith M Derbyshire / Rajendra K Agrawal / Anil K Ojha /
要旨: Bacteria respond to zinc starvation by replacing ribosomal proteins that have the zinc-binding CXXC motif (C+) with their zinc-free (C-) paralogues. Consequences of this process beyond zinc ...Bacteria respond to zinc starvation by replacing ribosomal proteins that have the zinc-binding CXXC motif (C+) with their zinc-free (C-) paralogues. Consequences of this process beyond zinc homeostasis are unknown. Here, we show that the C- ribosome in is the exclusive target of a bacterial protein Y homolog, referred to as mycobacterial-specific protein Y (MPY), which binds to the decoding region of the 30S subunit, thereby inactivating the ribosome. MPY binding is dependent on another mycobacterial protein, MPY recruitment factor (MRF), which is induced on zinc depletion, and interacts with C- ribosomes. MPY binding confers structural stability to C- ribosomes, promoting survival of growth-arrested cells under zinc-limiting conditions. Binding of MPY also has direct influence on the dynamics of aminoglycoside-binding pockets of the C- ribosome to inhibit binding of these antibiotics. Together, our data suggest that zinc limitation leads to ribosome hibernation and aminoglycoside resistance in mycobacteria. Furthermore, our observation of the expression of the proteins of C- ribosomes in in a mouse model of infection suggests that ribosome hibernation could be relevant in our understanding of persistence and drug tolerance of the pathogen encountered during chemotherapy of TB.
履歴
登録2018年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8937
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: 50S ribosomal protein L6
H: 50S ribosomal protein L9
I: 50S ribosomal protein L10
J: 50S ribosomal protein L11
K: 50S ribosomal protein L13
L: 50S ribosomal protein L14
M: 50S ribosomal protein L15
N: 50S ribosomal protein L16
O: 50S ribosomal protein L17
P: 50S ribosomal protein L18
Q: 50S ribosomal protein L19
R: 50S ribosomal protein L20
S: 50S ribosomal protein L21
T: 50S ribosomal protein L22
U: 50S ribosomal protein L23
V: 50S ribosomal protein L24
W: 50S ribosomal protein L25
X: 50S ribosomal protein L27
Z: 50S ribosomal protein L29
a: 50S ribosomal protein L30
b: 50S ribosomal protein L32
c: 50S ribosomal protein L33 2
d: 50S ribosomal protein L34
e: 50S ribosomal protein L35
f: 50S ribosomal protein L36
g: 50S ribosomal protein L31
y: 50S ribosomal protein L28
3: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,487,23834
ポリマ－1,487,23834
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area166050 Å2
ΔGint-1349 kcal/mol
Surface area552600 Å2

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要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 1011834.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXZabcdefgy

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30425.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD4
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 23011.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD1
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22789.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD2
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21021.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG1
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19483.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG4
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15949.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7F6
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 18035.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS62
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 15023.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QS45
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16015.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSP8
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13400.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSF9
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15602.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG8
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15774.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD8
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 21892.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL9
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 13580.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FGD9
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 12892.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QV42
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 14494.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QYU6
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 10924.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R151
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 16222.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD6
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10916.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD3
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11228.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG0
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 22571.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R3D2
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9249.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R150
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8790.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSD9
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 7022.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSG7
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6467.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R3I9
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L33 2


分子量: 6615.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R551
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5522.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R7K0
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7298.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QYU7
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4341.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QSL4
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 9141.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R554
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8925.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R552*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 3

#34: タンパク質・ペプチド Uncharacterized protein


分子量: 2710.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QTP4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterium smegmatis C(minus) 70S ribosome with MPY
タイプ: RIBOSOME
詳細: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis C (minus) 50S ribosomal subunit
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2Leginon3画像取得
4RELION2.01CTF補正
10RELION2.01初期オイラー角割当
11RELION2.01最終オイラー角割当
12RELION2.01分類Relion used for image processing and Refinement
13RELION2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 205510
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66840 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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