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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cli | ||||||
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タイトル | 1.01 A MicroED structure of GSNQNNF at 0.17 e- / A^2 | ||||||
![]() | GSNQNNF | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / Amyloid fibril / prion / zinc binding | ||||||
機能・相同性 | ACETATE ION![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.01 Å | ||||||
![]() | Hattne, J. / Shi, D. / Glynn, C. / Zee, C.-T. / Gallagher-Jones, M. / Martynowycz, M.W. / Rodriguez, J.A. / Gonen, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Analysis of Global and Site-Specific Radiation Damage in Cryo-EM. 著者: Johan Hattne / Dan Shi / Calina Glynn / Chih-Te Zee / Marcus Gallagher-Jones / Michael W Martynowycz / Jose A Rodriguez / Tamir Gonen / ![]() 要旨: Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron ...Micro-crystal electron diffraction (MicroED) combines the efficiency of electron scattering with diffraction to allow structure determination from nano-sized crystalline samples in cryoelectron microscopy (cryo-EM). It has been used to solve structures of a diverse set of biomolecules and materials, in some cases to sub-atomic resolution. However, little is known about the damaging effects of the electron beam on samples during such measurements. We assess global and site-specific damage from electron radiation on nanocrystals of proteinase K and of a prion hepta-peptide and find that the dynamics of electron-induced damage follow well-established trends observed in X-ray crystallography. Metal ions are perturbed, disulfide bonds are broken, and acidic side chains are decarboxylated while the diffracted intensities decay exponentially with increasing exposure. A better understanding of radiation damage in MicroED improves our assessment and processing of all types of cryo-EM data. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 11.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 5.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 724.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 724.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7501MC ![]() 7490C ![]() 7491C ![]() 7492C ![]() 7493C ![]() 7494C ![]() 7495C ![]() 7496C ![]() 7497C ![]() 7498C ![]() 7499C ![]() 7500C ![]() 7502C ![]() 7503C ![]() 7504C ![]() 7505C ![]() 7506C ![]() 7507C ![]() 7508C ![]() 7509C ![]() 7510C ![]() 7511C ![]() 7512C ![]() 6cl7C ![]() 6cl8C ![]() 6cl9C ![]() 6claC ![]() 6clbC ![]() 6clcC ![]() 6cldC ![]() 6cleC ![]() 6clfC ![]() 6clgC ![]() 6clhC ![]() 6cljC ![]() 6clkC ![]() 6cllC ![]() 6clmC ![]() 6clnC ![]() 6cloC ![]() 6clpC ![]() 6clqC ![]() 6clrC ![]() 6clsC ![]() 6cltC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 779.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Synthetic proto-filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.000899141 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 30 % |
-データ収集
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.1 sec. / 電子線照射量: 0.00357 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) Num. of diffraction images: 1012 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1012 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 31.2 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 |
EM回折 | カメラ長: 730 mm |
EM回折 シェル | 解像度: 1.01→1.04 Å / フーリエ空間範囲: 74.85 % / 多重度: 6.1 / 構造因子数: 125 / 位相残差: 41.15 ° |
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 78 % / 再高解像度: 1.01 Å / 測定した強度の数: 14826 / 構造因子数: 1941 / 位相誤差: 28.16 ° / 位相残差: 28.16 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.224 / Rsym: 0.224 |
検出器 | 日付: 2017年8月1日 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0194 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 86.603 ° / ∠β: 84.977 ° / ∠γ: 83.307 ° / A: 4.88 Å / B: 14.17 Å / C: 17.62 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 1.01 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 1.79 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / 詳細: Electron scattering factors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 1.01→14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 0.493 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 1.79 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 63 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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